一、滯納金制度的稅務稽查中運用的現(xiàn)狀：
新舊《征管法》施行后執(zhí)行強度不一樣。舊《征管法》施行后，由于有些稅收違法案件檢查時間長，而且偷稅項目多，計算較為復雜，各地在稅務檢查中基本上都沒有執(zhí)行滯納金制度，只是征收部門在征收查補稅款時，從《稅務處理決定》送達之日起，至納稅人實際繳納稅款之日止，這一段時間加收了滯納金。在新《征管法》施行后，國家稅務總局頒發(fā)了關(guān)于貫徹實施《中華人民共和國稅收征收管理法》有關(guān)問題的通知，其第四項規(guī)定：滯納金分兩段計征（新《征管法》第三十二條），2001年4月30日前按照千分之二計算，從2001年5月1日起按照萬分之五計算，累計后征收。各地才正式引起高度重視，對稅務稽查案件的處理才按日加收滯納金。但在出具《稅務處理決定書》時，對其滯納期限的確定又有所不同。
1.偷稅行為存在連續(xù)狀態(tài)的，滯納期限的起算日為：偷稅行為的最后一個月的次月11日，止算日為：《檢查通知書》下發(fā)之日。
2.惡意接受虛開增值稅專用發(fā)票的，滯納期限的起算日為：惡意接受虛開增值稅專用發(fā)票的的次月11日，止算日為：《檢查通知書》下發(fā)之日。善意接受，因其只補稅不罰款，故不加收滯納金。
征收部門在征收查補稅款時，就按《稅務處理決定書》所列滯納稅金的金額進行計征。
二、現(xiàn)狀分析：
1.目前，在稅務稽查中雖然加收了滯納金，但上述兩種對滯納金的計算明顯不對，受行政處罰的影響較深，將“加收滯納金”這種征收方式在理解上同“罰款”這種行政處罰方式相互混淆。“連續(xù)狀態(tài)”的規(guī)定，是在行政處罰時對偷稅行為是否超過法定期限所進行的規(guī)定用語，其適用于滯納金的征收是錯誤的。對進行處罰的惡意接受行為加收滯納金，對不進行處罰的善意接受行為不加收滯納金，更是和行政處罰混為一談。
2.“起算日”統(tǒng)一規(guī)定為“次月11日”的做法不正確。稅法規(guī)定：對偷稅行為加收滯納金的計算起止時間為，從稅款當期應當繳納或者解繳的期限界滿的次日起，至實際繳納或者解繳之日止。在稅務檢查中，如果納稅人當月有進項稅額留抵，則其“應當繳納稅款的期限”應為“加上查補稅額后實現(xiàn)應繳稅金的次月11日”。這里還要考慮順延問題，《中華人民共和國稅收征收管理法實施細則》第一百零九條規(guī)定：稅收征管法及本細則所規(guī)定期限的最后一日是法定休假日的，以休假日期滿的次日為期限的最后一日；在期限內(nèi)有連續(xù)3日以上法定休假日的，按休假日天數(shù)順延。
3.“止算日”的規(guī)定也不正確。現(xiàn)行的“止算日”是考慮到有的稅務違法案件檢查期間較長，在檢查期間，不允許被查納稅人補申報已經(jīng)查出的偷稅稅款，因稅務檢查的原因，造成納稅人在檢查期間需支付的滯納金，不應由納稅人自己承擔。雖然這種說法是有道理的，但“理”、“法”是兩回事，現(xiàn)實的情況是稅法沒有減少征收滯納金的此項規(guī)定。
三、滯納金制度的稅務稽查中如何適用
1.滯納稅款的確定：
由于增值稅一般納稅人進項稅額的調(diào)節(jié)，對“滯納稅款”不能簡單理解為“查補稅款”或“偷稅額”。
國稅發(fā)「1998」第066號（國家稅務總局關(guān)于增值稅一般納稅人發(fā)生偷稅行為如何確定偷稅數(shù)額和補稅罰款的通知）第一條規(guī)定：一、關(guān)于偷稅數(shù)額的確定?。ㄒ唬┯捎诂F(xiàn)行增值稅制采取購進扣稅法計稅，一般納稅人有偷稅行為，其不報、少報的銷項稅額或者多報的進項稅額，即是其不繳或少繳的應納增值稅額。因此，偷稅數(shù)額應當按銷項稅額的不報、少報部分或者進項稅額的多報部分確定。如果銷項、進項均查有偷稅問題，其偷稅數(shù)額應當為兩項偷稅數(shù)額之和。
其第二條規(guī)定：二、關(guān)于稅款的補征 偷稅款的補征入庫，應當視納稅人不同情況處理，即：根據(jù)檢查核實后一般納稅人當期全部的銷項稅額與進項稅額（包括當期留抵稅額），重新計算當期全部應納稅額，若應納稅額為正數(shù)，應當作補稅處理，若應納稅額為負數(shù)，應當核減期末留抵稅額。 n
如：稅務機關(guān)2005年4月某企業(yè)進行增值稅檢查，當月留抵3萬元，檢查出2003年2月該企業(yè)少提銷項稅額7萬元，當月留抵2萬元，則偷稅數(shù)額為7萬元，應補增值稅4萬元，滯納稅款5萬元。 2.滯納天數(shù)的確定：
總體規(guī)定：對偷稅行為加收滯納金的計算起止時間為，從稅款當期應當繳納或者解繳的期限界滿的次日起，至實際繳納或者解繳之日止?！ 嶋H操作：“起算日”為，“加上查補稅額后實現(xiàn)應繳稅金的次月11日”（考慮順延）：“止算日”為，出具《稅務處理決定書》之日，在《稅務處理決定書》中列明：偷稅數(shù)額、查補稅額、滯納稅款及到出具《稅務處理決定書》之日應加收的滯納金數(shù)額，以便征收機關(guān)從出具《稅務處理決定書》次日起至實際繳納之日止分段計算加收。
