農副產品收購憑證是除增值稅專用發票之外其他抵扣憑證中目前沒有納入信息化監控的重要票據，存在著收購憑證數量大、抵扣進項稅金額大、稅務機關管理難度大，企業會計人員對稅務機關的一些地方性管理方法意見大等情況，而且，目前也確實存在著憑證開具對象違規、虛假開具、內容填寫不齊全等問題。在此筆者以主要農產品之一“小麥”的扣稅憑證、扣稅率的幾次變化為例，提一點建議，供參考。
一、 購進小麥扣除率、稅率的變化
從1994年實行新的增值稅以來，面粉加工企業購進小麥進項稅額的扣稅憑證及扣除率經歷了幾次變化：《增值稅暫行條例》第八條第三款列示：購進免稅農業產品準予抵扣的進項稅額，按照買價和10%扣除率計算。
2001年底，我國世貿組織的正式成員，市場的國際化和商品的國際化趨勢進一步顯現。我國高成本低品質的小麥面臨著西方經濟發達國家低成本高品質產品的競爭壓力。作為應對措施之一，財稅[2002]12號及105號文件規定，增值稅一般納稅人購進農業生產者或小規模納稅人銷售的免稅農業產品的進項稅額扣除率由10%提高到13%，從2002年1月1日起執行，這一規定重在提升農業生產者和小規模納稅人在進項稅扣稅憑證方面的優勢。
二、 解決上述問題的建議
一邊是管理嚴格的增值稅專用發票，但抵扣稅額小，購貨企業有排斥心理；一邊是管理沒有專用發票嚴格的普通發票、收購發票，但抵扣稅額大，對購貨企業有吸引力；如何才能在公平的前提下做好以票控稅，又嚴防虛開發票呢？筆者建議作如下：
（一）盡快采用或推廣機制發票，將農業生產者（指農場）、小規模納稅人、國有糧食購銷企業的普通發票和糧食加工企業的收購發票全部納入防偽稅控系統，機制發票全國聯網，允許執行13%的扣除率，這樣仍可做到以票控稅，且各市場經營主體平等公平（在硬件上應該不存在困難，機動車銷售統一發票已于2006年8月停止使用手工發票，實行微機開具）。
（二）充分發揮現有增值稅發票防偽稅控系統，微機開票全國聯網的優勢，仍然實行機制發票，只對國有糧食購銷企業的增值稅票計算設計進行改進，在進行價稅分離計算時，將稅率改為扣除率，像目前棉花那樣，以扣除率計算購貨方可抵扣的進項稅額。
（三）面粉加工企業小麥的采購建議
對企業而言，盡可能多地創造利潤是企業的主要目標之一，很明顯，面對當前稅收政策環境，在同等質量、信用、結算等條件下，面粉加工企業采購小麥應當盡可能多地選擇從農業生產者或小規模納稅人處購進小麥并按規定取得普通發票或填制收購發票（而不是從國有糧食購銷企業購進，不要其增值稅發票，自找農民身份證復印件開具收購發票。），這樣能夠降低小麥采購成本，避免涉稅風險
