交通管理單位是負責各種交通基礎設施的規劃、建設、維護和管理，對公路運輸和水路運輸進行調控的行業管理部門。交通管理單位內部會計控制的健全有效，對其正確貫徹執行國家的方針政策和財經法規，保障國有資產的安全和合理有效的使用，規范會計行為，提高會計信息的質量都具有重要意義。
一、內部會計控制的原則
（一）不相容職務分離的原則
交通管理單位資金來源渠道多，支出頻率高、會計業務種類多。根據《會計法》中關于職務分離的規定，在這些業務處理程序中授權和執行的職務要分離，記賬與貨幣資金管理和實物資產管理的職務要分離，執行和復核的職務要分離。
（二）統一管理，分工負責的原則
交通管理單位的財務會計部門其資金類別和核算業務種類較多，各項資金的日常收支決策權應當集中在財務負責人手中，未經財務負責人批準，不得動用任何資金。由于資金種類多、核算業務量大，需要將各類業務分別設置會計崗位，根據財務人員的數量和能力分配崗位，每位財務人員可從事一崗位或幾崗位的財務會計工作，以形成分工合理，各負其責、職責權限明確的管理機制。
（三）業務處理程序化、規范化的原則
會計業務處理程序化是明確業務處理責任，執行財經紀律，防止在資金取得和使用上以權謀私、貪污舞弊的有效手段。會計業務處理規范是會計人員處理會計業務應達到的標準或要求，會計業務的處理規范化對加強會計基礎工作，提高會計信息質量，保證會計資料真實完整具有重要作用。
（四）計劃管理和例外的原則
資金收入計劃是對一定時期的資金收支進行的事先安排。它的主要作用有：對資金收支進行統籌規劃，明確責任，作為資金收支和考核責任的依據；控制資金支出的標準。交通管理單位的財務會計部門應當根據經批準的年度預算、計劃等編制本部門的年度資金收支計劃和月度資金收支計劃，該計劃應業務類別和按資金類別編制。
（五）稽核的原則
稽核是由稽核人員對單位一定時期的會計憑證資料進行審查、核對，檢查財務各項收支和會計處理是否真實、合法、合規，是保證會計資料真實、完整的重要措施。在每一會計期間終了對日常發生的會計業務進行處理后，作到賬實相符、賬證相符、賬賬相符和賬表相符。
二、內部會計控制的內容
（一）崗位設置與分工
交通管理單位財務會計機構內部工作崗位設置，依據內部控制制度關于不相容職務分離的原則，應設置財務負責人崗位、出納崗位、會計核算崗位和稽核崗位。其中會計核算崗位應根據業務種類及業務量大小和會計人員數量進行分工，設置不同的會計核算崗位。在崗位設置與業務分工中必須堅持相互制約、相互監督的原則。會計崗位和出納崗位必須分開，會計只對本崗位的業務進行核算，不得兼辦該業務的貨幣資金收付業務；出納不得兼任稽核、會計檔案保管和收入、支出、費用、債權債務賬目的登記工作，不得兼辦會計核算業務。稽核人員不得兼管貨幣資金收付和記賬報賬業務等。
（二）資金收支控制的幾個關鍵環節
資金收入業務中應主要抓好銀行開戶環節控制和收入存款環節控制。收入存款控制，凡屬單位的資金除國家規定應由有關部門單獨管理的外，其余資金都應由財務部門進行集中統一管理，收入款項要及時全部交給財務部門，其他部門不得私收私存；交通管理單位的財務部門對于收到的款項也只能存入規定的賬戶，不允許私設戶頭私存私放。
資金支出業務中應主要抓好支出計劃環節控制和支出審批環節控制。年度資金支出計劃是對年度內資金支付的統籌安排和平衡，以對資金支出進行總的控制和考核。年度資金支出計劃應經過單位負責人批準，月度資金支出計劃應經財務負責人批準。對于各種撥款，應依據單位負責人或財務負責人批準的月度資金支付計劃進行撥付。
（三）業務處理程序和標準
對資金收支業務來說，通常有計劃、審批、收支、稽核等程序；對核算業務來說通常有審核原始憑證、設置賬戶、填制記賬憑證、登記會計賬簿、財產清查、編制會計報告等程序。
交通管理單位資金收支業務主要有交通規費資金收解業務、交通基礎設施維護資金撥付及報批業務、交通基礎設施建設資金籌措和撥付報批業務、交通行政事業經費領撥、支出和報批業務、預算外資金收支業務、國有資產管理業務等。交通管理單位的財務會計部門應當根據《會計法》和財務制度的規定及內部管理制度的要求，對每一類會計業務規定明確具體的業務處理程序。
（四）稽核與監督
稽核應以財經紀律、內部控制制度、經批準的資金收支計劃等為依據，對財務收支和會計資料進行審查和核對。日常業務審查的重點應是會計憑證和會計賬簿。在會計憑證審查中要特別注重原始憑證的審查，在會計賬簿審查中要特別注重銀行存款收支及結余的審查。在日常審查的基礎上定期審查會計報告，審查時既要審查每一筆資金收支業務的真實性、手續憑證的完備性、業務處理的合規性、賬簿和報表數據的正確性，也要審查單位總體的財務狀況。保證財務管理和會計核算真實、合法。
