據統計，2001～2007年外貿凈出口對我國國民經濟的貢獻率已由-0.1%增加到23.7%，對國內生產總值增長的拉動率也由0增加到2.7%，這意味著對外貿易對我國國民經濟的發展產生了越來越重要的影響。其中，加工貿易項下凈出口的迅速增長已成為近年來我國貿易順差快速累積的重要原因，也是推動我國對外貿易規模快速擴張的首要貿易方式。雖然2007年以來，由于人民幣加速升值以及加工貿易新政策不斷出臺等因素的影響。自2008年一季度始，加工貿易出口增速明顯回落，但截至2008年6月加工貿易項下實現的貿易順差仍達1109.1億美元，遠高于一般貿易項下實現的貿易順差91.8億美元，由此可見，加工貿易仍是推動我國外貿出口增長的重要動力。轉變加工貿易增長方式，對于改善我國對外貿易發展質量，促進我國經濟又好又快發展有著至關重要的意義。
一、我國現行加工貿易稅收政策存在的問題
（一）國產料件與進口料件的雙重稅收標準
我國當前的投資、稅收等政策基本都向下游最終產品傾斜，而對中上游產業重視不夠，政策扶持力度不強，從而在一定程度上導致我國基礎原材料、中間投入品等國產料件與國外產品相比缺乏技術含量、工藝質量不高、競爭力弱。加之，我國目前的加工貿易稅收政策免征進口料件關稅與增值稅以及出口產品的增值稅，而對國產料件不實行免稅優惠，對境內結轉的上游企業也不實行出口退稅，進一步降低了國產料件的競爭力，導致加工貿易企業不愿使用國產料件。根據現行的加工貿易稅收政策，加工貿易項下出口的應稅商品，如系全部使用進口料件加工，出口時則不征收出口關稅；如系部分使用進口料件的，則按海關核定的使用國產料件的價值比例征收出口關稅。來料加工企業使用國產料件的進項稅額應計人生產成本，不免也不退：進料加工企業使用的國產料件可以按“免、抵、退”辦法退稅，征稅率與退稅率的差額部分轉入成本。近年來，隨著我國出口退稅率的不斷下調，特別是2007年我國對2000多種產品的出口退稅率進行了調整，進一步降低了我國平均出口退稅率水平，從而使進料加工企業使用國產料件所承擔的稅負水平遠高于進口料件，導致更多加工貿易企業通過選擇不使用國產料件的來料加工貿易方式降低稅負，這顯然不利于我國加工貿易整體附加值的提高，也不利于我國原材料和中間投入品競爭力的提高。
（二）對產業鏈條上高附加值環節的扶持不足
目前的加工貿易稅收政策主要針對加工貿易的生產環節，沒有體現對研發、設計、營銷、物流配送以及品牌創立等上游與下游產業鏈的鼓勵與扶持。例如，我國的倉儲費用相對較低，故而某些國外采購商要求加工貿易企業將產品運至保稅區內的倉儲企業即可，然后按需運輸離境。但國家稅務總局《關于出口貨物退（免）稅管理有關問題的通知》（國稅發[2004]64號）規定，經保稅區銷售給外商的貨物，保稅區海關必須在貨物全部離境后方可根據貨物進入保稅區的日期簽發出口貨物報關單（出口退稅專用），同時又要求出口企業必須在報關出口之日（以出口貨物報關單<出口退稅專用>上注明的出口日期為準）起90天內。到退稅部門辦理出口貨物退（免）稅手續，這樣就可能造成出口企業獲得出口貨物報關單（出口退稅專用）時已超過退（免）稅申報期或所余時間太短而無法辦理退（免）稅手續，從而不利于加工貿易企業向倉儲、運輸等下游產業鏈延伸。雖然2005年國家稅務總局修改了此項規定，作出了《關于經保稅區出口貨物申報出口退（免）稅有關問題的批復》（國稅函[2005]255號），允許加工貿易出口企業以最后一批出口貨物的備案清單上海關注明的出口日期為準申報退（免）稅，但仍延長了這些企業獲得退免稅款的周期，在一定程度上擠占了企業周轉資金。
（三）深加工結轉稅收政策不利于產業鏈條的國內延伸
深加工結轉是加工貿易企業將保稅進口料件加工的產品轉至另一加工貿易企業進一步加工后復出口的經營活動。深加工結轉既有利于延長加工貿易產品在我國的生產鏈條，又利于加工貿易企業的國內采購，提高產品的增值率。根據目前的有關規定，海關對深加工結轉業務視同進出口貿易實行保稅監管，即并不對該項業務征收任何進出口稅費；但是，根據《財政部、對外貿易經濟合作部、國家稅務總局關于1993年12月31日前批準成立的外商投資企業有關稅收政策問題的通知》（財稅[1998]184號）的規定，外商投資企業（1993年12月31日前成立的外資企業）實行不征不退的政策于2000年12月31日止期滿，之后對所有企業的深加工結轉業務都視同內銷先征稅，然后再在出口環節辦理退稅，并且對深加工結轉環節使用的國產料件不予辦理出口退稅。但實際上，各地區稅務部門對深力加工結轉業務的處理并不一致，有的地區仍只對外商投資企業之間的深加工結轉業務免稅：有的地區則對所有企業之間的深加工結轉業務實行不征不退；還有的地區對所有企業的深加工結轉業務都實行先征稅再在出口環節退稅。顯然，這不僅人為造成了企業之間的稅收待遇差別，形成不公平競爭，而且還加劇了地區稅收負擔差異。例如，廣東等沿海地區可利用靠近港、澳的地理位置優勢，通過出口復進口的方式規避深加工結轉的稅收成本，而其他地區的加工貿易企業，尤其是中西部地區的企業則只能承擔此稅負。
如果對所有的國內深加工結轉業務統一征稅，不僅導致加工貿易稅收政策互相抵觸，即進料加工直接出口實行退（免）稅政策，而間接出口實行征稅政策；也不利于延長加工貿易產品國內深加工結轉的鏈條，增加了配套要求高、附加值高的加工產品的結轉成本，特別是由于海關對進口料件保稅，造成上游企業無進項稅額可抵扣，加重了上游加工貿易企業的稅收負擔。但是，如果對所有的國內深加工結轉業務實行免稅，雖然可解決征稅帶來的問題，并利于深加工結轉業務的開展，促進加工貿易轉型升級，但也不可避免地導致一定程度的稅款流失。
（四）外商投資企業與內資企業的不平等稅收待遇
目前的稅收政策規定，外商投資企業不僅享有來料加工進口料件在進口、生產、銷售等環節的免稅政策，以及進料加工進口料件不征不退、國產料件退（免）稅政策，外商投資企業投資的項目只要符合《外商投資產業指導目錄》中鼓勵類或《中西部地區外商投資優勢產業目錄》的產業條目的，其在投資總額內進口的自用設備及隨設備進口的配套技術、配件、備件，除《外商投資項目不予免稅的進口商品目錄》所列商品外，均免征關稅和進口環節增值稅。該項稅收優惠政策也適用于2002年4月1日以前批準的外商投資限制乙類項目，以及1996年4月1日以前批準的外商投資項目。這些僅針對外商投資企業的稅收優惠政策成為外資大量進入我國加工貿易業的重要因素。據統計，2008年1～2月，東部地區加工貿易進出口總額的85.2%由外商投資企業完成，對東部加工貿易增長的貢獻率高達81.6%；而同期國有企業在東部加工貿易進出口總額的比重則由2007年同期的9.1%降至8.9%.
（五）有待完善的海關特殊監管區域稅收政策
我國目前有較多類型的海關特殊監管區域，如保稅區、出口加工區、保稅物流園區、保稅港區、保稅物流中心等，其中具有保稅加工功能的出口加工區、保稅港區以及綜合保稅區對促進我國加工貿易的發展有著至關重要的作用。應當承認目前的加工貿易稅收政策越來越傾向于鼓勵加工貿易企業入區發展。例如。根據出口加工區、保稅物流中心（B型）、保稅港區等的稅收管理辦法，區外企業運入區內的貨物視同出口，準予按照有關規定辦理出口退稅；區內企業銷售給區外企業的貨物視同進口，當該區外企業開展加工貿易時，準予其按照加工貿易保稅政策執行，從而在一定程度上解決了加工貿易企業深加工結轉業務所面臨的稅收問題，即上游企業的貨物入區就可以獲得退稅，而下游企業從相應園區（或中心）進口貨物并獲得發票，即可向海關辦理“進料加工”并享受進口料件保稅，從而減輕了這類企業的稅收負擔。此外，根據最新規定，出口加工區等具有保稅加工功能的區內生產企業在國內采購用于生產出口產品的并已取消出口退稅的成品革、鋼材、鋁材和有色金屬材料（不含鋼坯、鋼錠、電解鋁、電解銅等金屬初級加工產品）等原材料，進區時準予按增值稅法定征稅率獲得退稅，從而提高了區內企業采購國產料件的積極性。2008年前兩個月的統計數據顯示，加工貿易項下實現的進出特殊監管區域貿易總額為111.4億美元，同比增長45.4%，占同期進出特殊監管區域貿易總額的63.9%.
但是，我國目前的特殊監管區域稅收政策仍有不完善之處。如根據規定，保稅區、出口加工區內企業內銷制成品補稅時，其完稅價格按制成品的成交價格審定；而區外企業內銷制成品時，則按料件的原進口成交價格或與料件相同或類似的進口貨物的成交價格審定。一般情況下，制成品的成交價格要高于料件的成交價格，而且根據關稅升級理論，制成品的進口關稅稅率一般也要高于料件的進口關稅稅率，這顯然對出口加工區、保稅區內的加工貿易企業不利。這種稅收政策的不完善加之加工貿易新政策的出臺，導致特殊監管區域內加工貿易進出口有所萎縮，2008年前兩個月的統計數據顯示特殊監管區域內加工貿易進出口總額為54.6億美元。同比下降4.9%。
二、改革與完善我國加工貿易稅收政策的思路
（一）加強與產業政策的配合
加工貿易稅收政策應注重與產業政策的協調、配合。從而有助于轉變加工貿易增長方式，促進加工貿易產業升級與結構優化。加工貿易稅收政策應對加工貿易項目實行有區別的稅收優惠政策，例如對符合我國《外商投資產業指導目錄》和《當前國家重點鼓勵發展的產業、產品和技術目錄》的加工貿易進口料件與出口產品，給予進出口稅收優惠；取消或適當降低不符合產業政策要求的加工貿易項目的進口稅收優惠與出口退稅。為促進我國加工貿易由勞動密集型向技術、資本密集型產業升級，稅收政策應鼓勵加工貿易企業使用符合我國產業政策要求的技術含量高的進口或國產機器設備，通過減免進口關稅、增值稅，或對采購的國產設備給予出口退稅，或允許企業加速折舊等方式，降低此類加工貿易企業的實際稅負。稅收政策還應鼓勵服務加工貿易的發展，特別是為促進東部發達地區加工貿易轉型，對符合條件的服務加工貿易企業給予一定期限的營業稅、所得稅減免。
（二）促進國產料件競爭力的提升
鼓勵加工貿易企業更多地使用國產料件有助于提高加工貿易增值率，促進基礎原材料工業與中間品工業的發展，實現國家產業結構優化。
1.稅收政策應增加對原材料、中間投入品等中上游產業的扶持力度，通過鼓勵投資、鼓勵研發等稅收優惠措施，扶持這些產業的發展，為提高我國國產料件的競爭力奠定基礎。
2.加工貿易稅收政策應給予符合條件的國產料件與進口料件相同的稅收待遇，將退免稅政策擴大到國產料件，并統一來料加工與進料加工的稅收政策，對符合技術標準的進料加工企業使用國產原材料的出口產品足額退稅，以保證出口產品國內增值的零稅率，提高加工貿易企業使用國產料件的積極性，進而促進我國中上游產業的發展。
（三）推動加工貿易產業鏈的國內延伸
開展加工貿易最主要的目的就是通過加工貿易企業的示范效應、關聯效應與溢出效應，帶動國內相關配套產業的發展。這一目標的實現是以延長加工貿易國內產業鏈以及提高加工貿易國內產業關聯度為基礎的。
1.為鼓勵加工貿易企業設立國際采購與配送中心，提供海外銷售網絡和營銷渠道的信息服務與中介服務，扶持加工貿易產業鏈向附加值較高的兩端延伸，加工貿易稅收政策應對加工貿易企業為境內外公司提供的采購、銷售、物流、信息、決策咨詢、研究開發等經營性服務的盈利給予減免稅優惠；允許經主管部門認定的加工貿易企業享受高新技術企業稅收優惠政策；加工貿易企業研發機構實際發生的研發費用，準予全部進入成本，實行稅前列支。
2.政府必須綜合權衡政策執行成本與經濟發展，制定完善的深加工結轉稅收政策，促進加工貿易轉型升級。可以先有選擇地對部分企業或行業實行深加工結轉免稅政策，通過主管部門認定，對符合加工貿易轉型升級要求的行業，歷年納稅評估與海關分類級別均較高的企業實行深加工結轉免稅政策，并對這些企業列名公示，尋求社會、稅務、海關以及商務主管部門的共同監督。
3.規范外商投資企業稅收政策，扶持內資企業成為加工貿易主體。為充分利用加工貿易的產業關聯效應，提高本土企業的國際競爭力，首先，應規范外商投資企業稅收政策，提高引進外資的質量，實現內外資企業的公平競爭。新《企業所得稅法》取消了對外商投資企業的所得稅超國民待遇，統一了內外資企業的所得稅制度與稅收優惠，利于內資企業直接參與加工貿易競爭；對于僅利用我國勞動力資源優勢的低端、粗放的加工貿易項目應考慮減少或取消其稅收優惠。其次，給予民營企業更優惠的稅收政策，扶持民營企業發展加工貿易配套產業或服務。進而提高民營企業的競爭力。稅收優惠政策應改變過去按所有制成分區別對待的狀況，改變民營企業的不公平待遇，特別是應對為加工貿易提供配套產品或服務的民營企業，給予更多的所得稅、流轉稅優惠措施。最后，制定稅收政策，鼓勵、扶持國有企業直接參與加工貿易競爭或發展境外帶料加工貿易，掌握加工貿易主導權。對于符合條件的經主管部門認可的大型國有企業開展的境內來料或進料加工貿易，應比照外商投資企業的稅收政策執行，從而促進這些企業參與加工貿易的積極性，形成對外資的良性競爭；對企業的境外帶料加工貿易不僅允許其享有出口退稅，而且對其境外所得給予一定的所得稅減免。
（四）完善海關特殊監管區域的稅收政策
通過完善出口加工區、保稅港區等特殊區域的稅收政策，引導加工貿易企業進入這些特殊區域從事生產、加工等業務，不僅有利于加強海關對加工貿易的監管，提高管理效率，也有助于提升加工貿易的產業集群效應，更好地發揮加工貿易的經濟帶動與關聯作用。因此必須優化特殊監管區域的稅收政策與制度，例如允許出口加工區等區內加工貿易企業產品內銷時按照料件入區時的原始狀態及其退稅率，補繳有關增值稅和其他進口稅費，從而改變不利于區內加工貿易企業的狀況。
（五）規范小規模納稅人的出口稅收政策
我國目前對小規模納稅人出口實行免稅但不退稅的政策，當出口退稅率與征稅率相當時，一般納稅人與小規模納稅人出口稅負也相當。但隨著我國出口退稅率的降低，征稅率與退稅率差距擴大，實行“免、抵、退”的一般納稅人的稅負有所增加，從而導致有些進料加工貿易企業出于避稅目的而有意識地選擇成為小規模納稅人。因此，有必要對小規模納稅人出口企業實行先征后退政策，從而將其納入稅務機關監督，避免小規模納稅人成為加工貿易企業的“避稅角落”。
（六）鼓勵西部地區開展加工貿易
為鼓勵東部加工貿易轉型，形成有利于我國產業發展的產業分工體系，加工貿易稅收政策應引導并扶持加工貿易產業向中西部地區梯度轉移，從而充分利用各自地區優勢，實現東中西部地區的協調發展。這不僅有利于優化和完善我國加工貿易產業結構與布局，而且有助于保障全國各地區都能從加工貿易發展中獲得更多的經濟利益，避免“貧困化增長”的陷阱。
為鼓勵中西部地區發展加工貿易。稅收政策應放寬對中西部地區加工貿易企業境內采購的限制，給境內、境外采購以同等的稅收待遇；為降低物流成本。稅收政策可允許一定比例的內銷，并鼓勵加工貿易企業向中西部地區的特定區域轉移，形成以點帶面的局面；對中西部地區承接東部地區的部分勞動密集型、資源（能源）消耗型加工貿易產品暫緩降低或取消出口退稅率，并由中央財政承擔全部退稅款；對中西部地區技術含量較高的特色農產品加工或資源性產品深加工給予更多的稅收優惠等。
