我國在“十一五”規劃中，將國土空間劃分為優化開發、重點開發、限制開發和禁止開發四類主體功能區。十七大報告中提出：“按照形成主體功能區的要求，完善區域政策，調整經濟布局。”“圍繞推進基本公共服務均等化和主體功能區建設，完善公共財政體系”。
一、主體功能區建設有利于推進經濟發展方式轉變
長期以來，我國主要按照行政區來組織經濟、社會和生態建設，沒有根據不同區域國土資源特點劃分主體功能區。不論自然和社會經濟條件有多大差異，各行政區域都必須主要依靠自身經濟發展來滿足本地人民的物質文化需要，這實際上是要求各行政區承擔相同或相似的經濟功能，而生態保護功能無法得到足夠的重視和應有的投入。由于按照行政區域進行經濟核算和政績評估，加之尚未完善的分稅制財稅體制，各行政區域普遍存在不顧國土資源狀況而片面追求經濟增長的傾向。從這種經濟發展方式的結果看，有些區域的經濟發展較快，但生態環境遭到嚴重的破壞，喪失了一些基本的生態功能，如缺乏清潔而充足的水源，只能依靠其他區域來提供；有些區域的生態環境比較好，但經濟欠發達，人民生活水平比較低，強烈希望加快經濟發展來增加收入，提高生活水平。這種愿望是合理的，不能要求后一類區域的人民為保護生態環境而長期忍受貧困，或者同前一類區域相比長期處于低生活水平狀態。據統計，目前我國900多個自然保護區大部分分布在中西部地區，其中約1／4的自然保護區位于國家貧困縣，有相當部分區域屬于貧困問題最集中、貧困程度最嚴重、脫貧難度最大的區域。如果繼續按照過去的模式來發展，以犧牲生態功能為巨大代價來增強經濟功能，不僅引起這些區域的生態功能退化，而且經濟功能也日益受到制約，最終可能引起整個生態系統的崩潰，經濟最終難以持續發展。
解決上述問題的根本辦法就是實行區域主體功能規劃，把國土空間劃分為優化開發、重點開發、限制開發和禁止開發四類主體功能區。主體功能區的劃分使區域之間形成生態建設和經濟建設的合理分工，通過功能區之間的功能互補和分工協作，實現全國不同區域空間整體功能的最大化。隨著規劃的實施，不同區域將其發展目標定位于功能區的主體要求，逐步從政策上消除長期以來不顧區域特點盲目發展經濟的弊端，推動經濟發展方式的轉變。
二、現行財稅政策與主體功能區建設的主要矛盾
《國務院關于編制全國主體功能區規劃的意見》要求，實現主體功能區定位，需要完善財政政策：以實現基本公共服務均等化為目標，完善中央和省以下財政轉移支付制度，重點增加對限制開發和禁止開發區域用于公共服務和生態環境補償的財政轉移支付。我國現行的財稅政策與主體功能區建設主要存在以下主要矛盾。
（一）轉移支付政策與實現功能區基本公共服務均等化的矛盾。享有政府提供的基本均等化公共服務是每一位公民（無論其身居何處）不可剝奪的基本發展權利。在主體功能區的定位中，優化開發區域和重點開發區域將獲得更多的經濟發展機會，限制開發區域和禁止開發區域由于要更多地承擔生態功能，其開發活動將受到限制。如果喪失經濟發展機會的地區不能得到相應的經濟補償，推進主體功能區的戰略將難以落實。因此，推進主體功能區的建設，從而轉變經濟發展方式，必須通過財政轉移支付等手段，使禁止和限制開發區居民能在保護生態的同時，享受與開發地區居民同等基本公共服務，獲得大致相同的發展機會。但與實現功能區基本公共服務均等化的要求而言，現行轉移支付政策存在許多迫切需要解決的問題。
1.政府之間財力與事權不相匹配，事權劃分不清，轉移支付責任模糊。目前，基本公共服務的事權（主要包括教育、衛生、文化、就業服務、生態環境、公共基礎設施、社會治安等方面的投入）主要由縣鄉基層財政來承擔，義務教育、公共衛生、社會保障和福利救濟等支出大部分由基層財政負擔。調查顯示，在預算內公共衛生支出上，中央政府僅占衛生預算支出的2％，其他均為地方政府支出。不同地方政府財政支出能力的差別，與各地居民享受基本公共服務均等化的要求嚴重不匹配，這種財政制度從根本上制約了功能區的建設要求。
2.一般性轉移支付規模過小。從資金分配的相對比重看，一般性轉移支付占整個轉移支付的比重非常小。2005年，我國一般性轉移支付占全部轉移支付比重按寬口徑計算只有9.8％，按窄口徑計算占15.3％，比重非常低，與西方發達國家50％以上的比例相比，根本發揮不了平衡地方財力的作用。
3.專項轉移支付不規范。專項補助資金下達不及時，影響資金使用效率的發揮。絕大部分中央專項補助資金國家沒有明確規定下撥時間，資金實際下撥到用款單位往往到年底或第二年度才能實現。專項撥款資金用途過寬，支出項目繁雜而分散，重點不突出。現行的專款范圍幾乎覆蓋所有預算支出項目，并且補助對象涉及各行業，到處撒“胡椒粉”，調控結果并不理想。專款撥款挪用現象也較嚴重，難以保證專款專用。
（二）生態補償的財稅政策與功能區生態建設的矛盾。生態補償是以保護生態系統功能、促進人與自然和諧發展為目的，根據生態系統服務價值或生態保護、生態破壞和發展機會成本來運用財政、稅收、市場等手段，調節生態保護者與收益者和破壞者的利益關系的制度。在主體功能區的規劃中，許多限制開發區域由于長期對資源的過度開發，區域開發強度超過資源環境承載能力，使局部地區自然生態系統功能退化，并危及到其他區域的生態安全。禁止開發區域基本上是自然生態系統、珍稀瀕危野生動植物物種、自然景觀、人文景觀集中分布區，具有重要的自然生態功能和人文價值功能。因此，修復遭受破壞的生態環境和保護現有的生態系統，必須加快建立和完善針對功能區的生態補償機制，但現行的財稅政策與生態補償的要求相比存在較大矛盾。
1.尚未建立針對四個主體功能區的專項財稅支持體系和分類指導政策。現行政策沒有從區域發展角度，把生態補償與區域經濟社會發展、消除貧困、實現基本公共服務均等化、居民創業、就業等問題綜合起來考慮。目前國家采取的生態補償措施和政策，基本上是以工程項目建設投入為主，遠沒有形成完善的系統。如，退耕還林、退牧還草、天然林保護、礦產資源稅及補償費等，基本上是以工程項目建設投入為主，且投資項目不配套、補償年限偏短。由于沒有合理的生態補償政策，目前限制開發和禁止開發區域為保護生態環境而形成的公共成本支出、管理支出、產業異地發展和生態移民、生態環境保護和建設項目、環境基礎設施建設等相關投入難以落實。
2.缺乏建立科學的環境價值標準和評價體系。目前實施的一些補償辦法，普遍存在缺項較多、綜合性差、標準偏低等問題。由于生態補償的評價體系不完善，一方面使貧困的生態保護和建設區的區域經濟社會發展愈加落后，群眾生活水平與其他地區的差距不斷加大；另一方面嚴重影響生態保護的成效。結果是上游地區投入，下游地區受益，欠發達地區投入，富裕地區受益。總之，貧困地區生態保護和建設任務重、投入大，卻沒有得到合理的補償，造成區域發展差距不斷擴大。
3.生態補償渠道單一，缺乏促進市場化投融資機制發展的財稅激勵政策。目前我國的生態補償政策主要是政府主導的對生態環境保護、建設者的財政轉移補償機制，補償機制的市場化還沒形成。這種單一的補償方式，遠遠不能滿足巨額的生態補償投入需求。以國家對西部地區水土流失治理的投入為例，西部地區水土流失面積占國土總面積的60％，達410萬平方公里，按目前的治理速度而不造成新的破壞，全部治理也需要140年左右。
三、推進主體功能區建設的政策建議
（一）改革財政轉移支付制度，促進功能區基本公共服務均等化
1.在提供基本公共服務的事權劃分上，應改變過去傳統的按事務隸屬關系劃分的辦法，通過明確中央政府與地方政府及地方各級政府之間在提供基本公共服務方面的事權，健全財力與事權相匹配的財政體制。由于各類公共服務具有不同的性質和特點，各級政府承擔的事權責任也應有所區別。如，社會保障和生態環境等公共服務，由于涉及面廣且具有更大的外部性，主要應由中央政府和省級政府提供，由縣級政府管理；義務教育和公共衛生等公共服務，應由中央、省和縣三級政府共同承擔，各級政府承擔的比例應視各地經濟發展水平而定。
2.增加一般性轉移支付規模，優化轉移支付結構。中央財政新增財力要安排一定數額用于加大一般性轉移支付力度，重點幫助限制開發區和禁止開發區所處的中西部地區解決財力不足問題，促進地區之間協調發展。目前，中央政府對地方政府的轉移支付主要有三種方式，其中，稅收返還不具有均衡地區財力的作用，但在2005年卻占轉移支付總額的35％左右；專項轉移支付所占的比例在30％左右，主要用于均衡地方財力和促進基本公共服務均等化。要使基本公共服務均等化取得更快進展，必須降低稅收返還和專項轉移支付的比例，提高財力性轉移支付的比例。
3.加強中央對地方專項轉移支付管理。到期項目、補助數額小、突出中央宏觀調控政策意圖不明顯的項目應予以取消；交叉、重復的項目重新清理，逐步進行歸并；對年度之間補助數額不變且長期固定的項目列入中央對地方體制性補助范圍。同時，規范中央對地方專項撥款配套政策，減輕地方政府壓力。
4.加大對民族地區、邊疆地區、革命老區等的轉移支付力度。配合西部大開發戰略和主體功能區建設，要加大對上述地區中礦產資源開發、生態保護任務較重區域的轉移支付，進一步增強地方政府財力，督促地方政府切實履行環境保護職責，并積極引導在經濟發達地區和市場基礎較好的地區率先建立市場化的污染防治和生態建設投入機制。
（二）完善生態補償的財稅政策，推進限制開發區和禁止開發區發展。實現限制開發區和禁止開發區的保護和發展的根本出路在于探索建立跨地區和跨領域的生態補償機制，把生態修復和環保所面臨的補償問題完全統籌起來。
1.堅持正確的構建原則。一是誰利用誰補償、誰受益或誰損害誰付費的最基本原則。二是有利于保護地區與受益地區共同發展的原則。三是統籌兼顧的原則。既要考慮東、中、西部或上、中、下游的關系，又應考慮近期與長期或當代與后代的關系。
2.在中央和省級政府設立環境轉移支付專項資金并列入財政預算，地方財政要加大對生態補償和生態環保的支持力度。為擴大資金來源，還可發行生態環境補償基金彩票。資金的使用應著重向欠發達地區、重要生態功能區、水系源頭地區和自然保護區傾斜，優先支持生態環境保護作用明顯的區域性、流域性重點環保項目，加大對區域性、流域性污染防治及污染防治新技術、新工藝開發和應用的資金支持力度。
3.完善保護環境的相關稅收政策。應把生態環境重點保護地區的生態移民和替代產業、替代能源發展，納入生態環境保護與建設投入的重點支持范疇。抓緊建立統一的生態環境補償稅，消除部門交叉、重疊收費現象。進一步加大排污收費改革力度，抓緊推行排污總量收費、補償空氣環境的二氧化硫收費、汽油消費稅及提高城市垃圾收費，并逐步實行費改稅，促進循環經濟和環保產業的發展。開征新的環境稅，調整和完善現行資源稅，將資源稅的征收對象擴大到礦藏資源和非礦藏資源。開征森林資源稅和草場資源稅，將現行資源稅按應稅資源產品銷售量計稅改為按實際產量計稅，對非再生勝、稀缺性資源課以重稅。通過稅收杠桿把資源開采同促進生態環保結合起來，提高資源的開發利用率。
4.發揮政府主導作用，積極探索生態環境補償的市場化模式。通過科學的環境定價和資源定價，推進環境排污權交易和培育資源市場，促進資源和生態環境的資本化、市場化，使這些要素的價格真正反映它們的稀缺程度，以達到節約資源和減少污染的雙重效應。積極探索資源使用權、排污權交易等市場化的補償模式。完善水資源合理配置和有償使用制度，加快建立水資源取用權出讓、轉讓和租賃的交易機制。探索建立區域內污染物排放指標有償分配機制，逐步推行政府管制下的排污權交易，運用市場機制降低治污成本，提高治污效率。鼓勵生態環境保護者和受益者之間通過自愿協商實現合理的生態補償。
