不管是收購企業還是被收購企業，二者在進行稅務處理時都會涉及企業所得稅的問題。按照《企業所得稅法》的規定，股權收購行為中收購方是股權投資行為，涉及其長期股權投資資產計稅基礎的確定；被收購方是轉讓股權行為，涉及長期股權投資轉讓所得或損失。
對收購企業來說，其投資計稅成本的確定與其他資產一樣，按照實際發生的歷史成本確定。《企業所得稅法實施條例》第七十一條規定，投資資產，是指企業對外進行權益性投資和債權性投資形成的資產。企業在轉讓或者處置投資資產時，投資資產的成本，準予扣除。其中，通過支付現金方式取得的投資資產以購買價款為成本；通過支付現金以外的方式取得的投資資產，以該資產的公允價值和支付的相關稅費為成本。
對被收購企業來說，其股權轉讓計算所得時只允許扣除投資成本，轉讓股權時隨同轉讓的稅后未分配利潤、各項資本公積等留存收益，除企業清算外，不得扣除。《企業所得稅法實施條例》第十一條規定，投資方企業從被清算企業分得的剩余資產，其中相當于從被清算企業累計未分配利潤和累計盈余公積中應當分得的部分，應當確認為股息所得。《國家稅務總局關于加強非居民企業股權轉讓所得企業所得稅管理的通知》（國稅函[2009]698號）第三條規定，股權轉讓所得是指股權轉讓價減除股權成本價后的差額。如被持股企業有未分配利潤或稅后提存的各項基金等，股權轉讓人隨股權一并轉讓該股東留存收益權的金額，不得從股權轉讓價中扣除。《國家稅務總局關于貫徹落實企業所得稅法若干稅收問題的通知》（國稅函[2010]79號）第三條關于股權轉讓所得確認和計算問題規定，企業在計算股權轉讓所得時，不得扣除被投資企業未分配利潤等股東留存收益中按該項股權所可能分配的金額。
根據規定，收購企業的投資損失可以在稅前扣除，不再需要結轉扣除，且2008以前年度股權投資損失也可以在2010年一次性扣除。《企業資產損失稅前扣除管理辦法》（國稅發[2009]88號）第三條就資產損失包括股權轉讓損失扣除時間規定，企業發生的資產損失，應在按稅收規定實際確認或者實際發生的當年申報扣除，不得提前或延后扣除。因各類原因導致資產損失未能在發生當年準確計算并按期扣除的，經稅務機關批準后，可追補確認在損失發生的年度稅前扣除，并相應調整該資產損失發生年度的應納所得稅額。調整后計算的多繳稅額，應按照有關規定予以退稅，或者抵頂企業當期應納稅款。《國家稅務總局關于企業股權投資損失所得稅處理問題的公告》（國家稅務總局公告2010年第6號）就企業股權投資損失所得稅處理問題規定，企業對外進行權益性投資所發生的損失，在經確認的損失發生年度，作為企業損失在計算企業應納稅所得額時一次性扣除，并自2010年1月1日起執行。該規定發布以前企業發生的尚未處理的股權投資損失，可以在2010年度一次性扣除。
《財政部、國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號）規定，企業重組的稅務處理區分不同條件分別適用一般性稅務處理規定和特殊性稅務處理規定。企業重組，除符合本通知規定適用特殊性稅務處理規定的外，企業股權收購重組交易，相關交易應按以下規定處理。第一，被收購方應確認股權、資產轉讓所得或損失。第二，收購方取得股權或資產的計稅基礎應以公允價值為基礎確定。第三，被收購企業的相關所得稅事項原則上保持不變。
