第一，制度適用范圍存在局限性。現(xiàn)行《醫(yī)院會計制度》明確規(guī)定該制度“適用于中華人民共和國境內(nèi)的各級各類公立醫(yī)療機構(gòu)”。隨著衛(wèi)生經(jīng)濟體制改革的不斷深入，一大批民營醫(yī)院、慈善醫(yī)院、外資醫(yī)院等多種形式的非公有制醫(yī)院應(yīng)運而生，而非公有制醫(yī)院會計核算目前尚無制度規(guī)定。
第二，部分會計核算原則不明確。一未明確謹慎性原則。謹慎性原則是指會計人員在存在經(jīng)濟活動不確定性因素的情況下做出職業(yè)判斷時，應(yīng)保持必要的謹慎，不得多計資產(chǎn)或收益，少計負債或費用，但也不得設(shè)置秘密準備，謹慎性原則是對歷史成本原則的修正。目前醫(yī)院經(jīng)濟事項的不確定性日益明顯，有必要引入謹慎性原則，合理計提各項資產(chǎn)的減值準備。二未規(guī)定實質(zhì)重于形式原則。實質(zhì)重于形式原則指會計主體應(yīng)按照交易或事項的經(jīng)濟實質(zhì)進行核算，而不應(yīng)僅僅按照法律形式作為會計核算的依據(jù)。目前醫(yī)院會計核算中，托管、資產(chǎn)重組等新經(jīng)濟事項不斷涌現(xiàn)，只有在實質(zhì)重于形式的原則下判斷事實并在會計信息上予以反映，才有利于醫(yī)院會計信息使用者進行決策。三未明確劃分收益性支出與資本性支出。資本性支出的效益可以在幾個連續(xù)的會計期間發(fā)揮作用，收益性支出的效益只在當(dāng)期發(fā)揮作用，二者并不相同。而支出核算作為醫(yī)院會計核算中的重要內(nèi)容，對其進行合理地劃分則有利于真實反映醫(yī)院的財務(wù)狀況與經(jīng)營成果，同時也可以避免隨意列支造成的收支結(jié)余不實。
第三，醫(yī)院會計信息披露過于簡單。現(xiàn)行醫(yī)院會計信息披露過于簡單，其主要原因在于一般情況下會計報表使用者僅限于醫(yī)院及上級部門?，F(xiàn)行醫(yī)院財務(wù)報告的局限性主要表現(xiàn)為會計信息的及時性不夠且內(nèi)容不完整；財務(wù)報表項目的貌似確定性掩蓋了其本質(zhì)的不確定性；重法律形式輕經(jīng)濟實質(zhì)；重貨幣性信息輕非貨幣性信息；重硬性資產(chǎn)輕軟資產(chǎn)；重財務(wù)資輕財務(wù)核心能力，重歷史輕未來等。隨著多種所有制形式醫(yī)療機構(gòu)的涌現(xiàn)，除政府部門以外，不同方面的人員獲取會計信息的側(cè)重點不同，各方面要求醫(yī)院披露的會計信息不斷增多，醫(yī)院內(nèi)部決策對會計信息的依賴性也越來越強，都希望從會計信息中了解醫(yī)院的經(jīng)營狀況，發(fā)現(xiàn)其中的問題，以便盡早作出對策。
現(xiàn)行醫(yī)院會計制度的完善措施如下：
第一，在現(xiàn)行醫(yī)院會計制度中補充營利性醫(yī)院會計制度?！蛾P(guān)于城鎮(zhèn)醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革的指導(dǎo)意見》中明確指出，醫(yī)療機構(gòu)分為非營利性和營利性兩類進行管理。非營利性醫(yī)院執(zhí)行《醫(yī)院會計制度》和《醫(yī)院財務(wù)制度》，而營利性醫(yī)院的會計核算參照執(zhí)行企業(yè)會計制度和有關(guān)政策。而在實際操作中，照搬企業(yè)會計核算方法是不科學(xué)的，也是不可取的。由于缺乏詳細、規(guī)范的核算辦法，營利性醫(yī)院的會計核算實際上處于混亂的狀態(tài)，不利于醫(yī)院的內(nèi)部管理和政府部門的監(jiān)督。因此，建議在醫(yī)院會計制度中補充營利性醫(yī)院的會計制度，以適應(yīng)多種形式下醫(yī)院會計核算的需要。
第二，全面遵循企業(yè)會計核算原則。為了加強對醫(yī)院的會計核算，解決醫(yī)院發(fā)展中的新問題，特別是解決凈資產(chǎn)不實、總資產(chǎn)虛增的問題，應(yīng)該全面遵循企業(yè)會計核算原則，包括嚴格劃分收益性支出與資本性支出，以準確計算和反映醫(yī)院的財務(wù)狀況和運營成果；針對醫(yī)院經(jīng)營環(huán)境的現(xiàn)狀，借鑒企業(yè)會計核算的謹慎性原則，計提各項資產(chǎn)減值準備。現(xiàn)有醫(yī)院會計核算應(yīng)該與時俱進增加反映時代要求和經(jīng)營要求的一般原則，如重要性原則、實質(zhì)重于形式原則等，以利于醫(yī)院強化風(fēng)險意識，提高職業(yè)判斷的準確性。
第三，充分考慮面臨的各種風(fēng)險。謹慎性原則是經(jīng)濟活動不確定性對醫(yī)院會計核算的內(nèi)在要求。在市場經(jīng)濟的大環(huán)境下，由于競爭以及未來市場價格的波動，醫(yī)院各種資產(chǎn)都存在著減值風(fēng)險，故對于醫(yī)院的藥品、庫存材料、固定資產(chǎn)等均應(yīng)按照謹慎性原則計提資產(chǎn)減值準備。醫(yī)院風(fēng)險的另一方面表現(xiàn)在未考慮醫(yī)療事故可能導(dǎo)致經(jīng)濟賠償?shù)呢攧?wù)風(fēng)險，一旦發(fā)生嚴重的醫(yī)療事故，就會導(dǎo)致巨額經(jīng)濟賠償，必然嚴重影響醫(yī)院工作的正常進行。醫(yī)院實施謹慎原則，合理估計存在的風(fēng)險，就能及時防范與化解風(fēng)險?，F(xiàn)行醫(yī)院會計制度中資產(chǎn)以原始價值記賬，不因市場波動而變化，難以真實地反映資產(chǎn)的市場價值，因此，有必要引入庫存物資跌價準備、長期投資跌價準備、短期投資跌價準備、固定資產(chǎn)減值準備、無形資產(chǎn)減值準備科目，正確反映資產(chǎn)價值。
第四，改進醫(yī)院會計信息披露模式。美國注冊會計師協(xié)會財務(wù)報告特別委員會發(fā)表的《改進企業(yè)財務(wù)報告——顧客導(dǎo)向》特別報告指出，完整的企業(yè)財務(wù)報告體系應(yīng)包括以下內(nèi)容：財務(wù)和非財務(wù)數(shù)據(jù)；管理當(dāng)局對財務(wù)和非財務(wù)數(shù)據(jù)的分析；前瞻性信息；有關(guān)高級管理人員變動情況的信息；經(jīng)營活動的背景資料。在改進醫(yī)院會計信息披露模式過程中應(yīng)借鑒上述內(nèi)容，不斷完善會計報表體系，加強財務(wù)分析，以更好地滿足不同層面對會計信息的需求。
