一、審查合同雙方訂立的原則
在工程量清單模式下，確定施工合同價格的條款，應當遵循公平合理的原則，充分體現業主和承包商權利和義務的平等性，不得違背現行計價規范、改變計價依據、抬高或壓低規費和不可競爭費用。雙方訂立合同時，有關條款的訂立應與招標過程中形成的要約與承諾保持一致，要體現招投標活動的嚴肅性。在合同簽訂后，另行簽訂補充協議的，應由業主報建設行政主管部門備案，并且補充協議與原合同不得有實質性背離，否則，不能作為竣工結算的依據。同時審查合同專用條款用語要規范，概念要清楚，定性要準確，定量要真實。有關工程價款調整的條款不能簡單地寫成“按實調整”，應明確調整的具體范圍、內容和方法。
二、審查合同價款的調整原則
實行工程量清單計價模式進行招標的工程一般宜采用固定單價合同，以體現風險共擔的原則。業主和承包商雙方必須在合同專用條款中約定風險范圍和風險費用的計算方法，并約定超出風險范圍時的綜合單價調整方法。對設計變更以及現場施工條件發生變更，其價款的調整方法應當在專用條款中約定。對工程中尚未發生但實際施工中可能出現的情況，審簽合同時應約定具體的處理方法和調整范圍。當某項工程量變更超過一定幅度或清單項目特征描述不準確而引起綜合單價發生較大變化時，其增加或減少工程量的綜合單價，由承包商提出，經業主確認后，作為竣工結算的依據。因為工程量清單中，業主承擔清單工作量是否準確的風險，一旦不確定工程量變化的幅度，將在結算時，給審計工作帶來相當大的麻煩。清單漏項或設計變更引起新的工程量清單項目，合同中必須明確，該清單項目實際發生之前就應計算新的綜合單價，業主會同審計部門確認后方可實施該項工作內容，該綜合單價即可作為結算的依據。避免承包商“當時不定價，事后要天價”情況的發生。另外合同中還應明確暫定價和分包項目價款的調整原則和方法。
三、審查合同中違約責任的處理原則
合同雙方除了明確工程質量、工程工期、工程預付款三項違約責任條款外，還應在合同中明確工程進度延遲的違約責任、安全生產違約責任、非法轉分包違約責任、材料設備驗收不合格的違約責任、試車不合格的違約責任等。明確雙方違約責任的分擔原則，明確合同雙方違約的處罰條款，通過違約處罰嚴格約束雙方的行為，避免日后出現矛盾，因合同不明確而發生扯皮、推諉行為。
四、審查合同中甲方供料設備的退價原則
工程量清單計價規范中，明確規定甲方供應的材料設備應計入投標報價中，并在綜合單價中體現。甲方供材料設備價格一般以造價管理部門發布的指導價格或市場價格為準。業主不得要求投標人在投標過程中對該部分材料設備另行報價。業主與承包商雙方應在合同專用條款中約定甲方供材料設備扣除的價格、時間、領用量超欠所報數量時價款的處理方法，原則上甲方供材料設備在工程竣工決算中遵循“怎樣計入，怎樣退出”的退價原則。明確材料設備的采購保管費，明確超欠供數量的扣除價格，明確甲方供材料設備作為不可競爭費用。這樣可以有效解決由于甲方供材料控制不準而造成工程預付款的超付等諸多問題。
五、審查合同中停緩建工程的索賠原則
因業主原因停緩建工程是常有的現象，但合同示范文本卻沒有因停緩建而造成損失的賠付條款，加上工程處于動態之中，承包商要證明其停工時的人員、設備、周轉材料的數量是非常困難的。所以，承包商提出索賠方案，大多業主無法核查確認其損失。因此在合同專用條款中明確約定停工損失的計算方法，索賠將會成為比較容易的事情。
六、審查合同中隱蔽工程施工簽證原則
目前，工程施工中簽證內容不清楚、程序不規范、責權不明確是造成工程結算扯皮、工程造價不能得到有效控制的重要原因。合同中要明確加強施工過程中簽證的管理手段。業主應在合同專用條款中明確有效簽證的認定原則，明確工程變更簽證的審批程序，指定變更簽證金額不同的審批人，明確簽證單上必須有業主、審計部門、監理工程師、承包人四方的簽字和蓋章方可作為工程結算的依據。簽證單上必須明確簽證的原因，位置、尺寸、數量、人工、材料、機械等。簽證重點是發生的原因及事實真相的表述，盡量避免簽有結論性的意見。
