一、內外資企業兩套所得稅制并存，導致稅制結構復雜且不公平
我國在1994年稅制改革時，出于穩定和吸引外資的考慮，只對內外資企業的流轉稅制進行了合并，但所得稅仍然實行內外有別的兩套稅制。這種狀況就如同價格體制改革中存在著市場價和國家指導價一樣，使得我國企業所得稅事實上存在著分別針對內資企業和外資企業的“雙軌制”。這種稅制“內外有別”、稅負“外輕內重”的“雙軌制”運行模式，使得二者在立法級次、稅收負擔、收入增長速度等方面差異較大。主要問題表現
（一）立法級次和效力不同
目前我國內、外資企業使用不同的法律規范。內資企業適用1993年12月國務院發布的《中華人民共和國企業所得稅暫行條例》（以下簡稱《企業所得稅暫行條例》），屬于行政法規；而外資企業適用1991年4月全國人大頒布的《中華人民共和國外商投資企業和外國企業所得稅法》，屬于法律。二者的法律級次和效力、透明度及權威性均不相同。
（二）重復設置稅種，導致我國稅制結構復雜，征收管理不規范
市場經濟國家的普遍做法是只要是法人或公司，統一適用同一套稅法。像我國這樣重復設置稅種，內外資企業適用兩套不同稅制的做法不符合國際慣例。稅制的“雙軌制”運行，客觀上使內、外資企業稅收征管質量差別很大。如有些地方政府及稅務機關，片面追求招商引資，放松稅收征收管理，不但使國家稅款大量流失，而且造成了外資企業與內資企業在征管中的非平等待遇。
（三）稅前扣除內外有別，致使內外資企業間實際稅負差異較大
目前我國內外資企業兩套所得稅制在固定資產折舊、無形資產攤銷、壞賬損失的處理、納稅年度的確定、虧損結轉以及外國稅收抵免等方面，已基本趨于一致，并且名義稅率相差不大（外資企業所得稅的基本稅率為30%，地方稅稅率為3%，合并后名義稅率與內資企業一樣為33%），但實際稅負則相差懸殊。據測算，外資企業所得稅實際稅負一般約為7%～8%，僅相當于內資企業實際稅負的1/3～1/4.內資企業明顯處于競爭劣勢，不利于二者在同一起跑線上展開公平競爭。造成實際稅負相差懸殊的主要因素是應納稅所得額確定和優惠政策不同。比較內外資企業所得稅應納稅所得額的確定可以發現，二者在以下諸多方面存在差異
通過上述比較可以看出，外資企業稅前扣除標準寬，限制少，而內資企業普遍存在成本費用補償不足問題。如對內資企業支付的工資，在計稅工資額之內的，可在稅前扣除，超過部分則要繳納企業所得稅，而外資企業只要經董事會批準就允許全部據實扣除。這種做法一方面對內資企業計征所得稅時，超過計稅工資部分不允許按實際支付的工資在稅前列支；另一方面企業在依法代扣職工的個人所得稅時，卻要按實際支付給職工的工資計征個人所得稅。對這種重復征稅我國現行的稅法又沒有明確的稅收抵免規定，顯然有失公平，既難以適應各地區、各行業的實際情況，也限制了內資企業用工資調動員工積極性的能力。從理論上講，工資是勞動者的勞動報酬，是企業成本費用的重要組成部分。企業所得稅是對企業利潤的征稅，如果對超過計稅工資部分的工資征稅，顯然不符合企業所得稅的內涵。同時在社會主義市場經濟條件下，現代企業制度的建立使得企業是一個獨立經濟實體，企業工資的發放及多少與企業的生產經營狀況密切相關。企業法、破產法等法律的建立和實施，使工資的發放不再是企業領導人的個人行為。針對內資企業的計稅工資規定已不能適應經濟環境的變化。因此，筆者認為計稅工資已沒有存在的必要，取消內資企業計稅工資的做法勢在必行。總之，在內外資企業稅務處理上的種種雙重標準，造成同一收入水平的內、外資企業實際稅負相差懸殊，進而使得企業利潤、商品價格差異較大，抑制了內資企業的發展。我國加入WTO后，隨著外資大量涌入，這種矛盾將更加突出。
（四） 內外資企業所得稅收入增長速度相差懸殊
近年來盡管我國所得稅（包括個人所得稅與企業所得稅）發展較快，但無論從其收入在整個稅收收入中所占的比重看，還是其對整個社會經濟生活的調控作用而言，都遠遠達不到“主體”稅種的要求。目前內外資企業所得稅收入占整個稅收收入的比重不足15%.從收入的絕對額看，2000年內資企業所得稅的絕對額為1443億元，占整個稅收收入12661億元的11.4%，而外資企業所得稅2000年的收入僅為326億元，占整個稅收收入的2%多一點（以上數據來自國家稅務總局2000年的《稅收快報》），與我國近年來引進外資的規模顯然不成比例；從收入增長速度看，內資企業所得稅表現不佳，增長緩慢，平均年遞增率僅為4.01%，而外資企業所得稅是我國近年來收入增長最快的稅種，平均年遞增率達87.6%.內資企業所得稅的增長速度明顯低于外資企業所得稅的增長速度。這一局面的出現，既有內資企業經營管理不善，虧損企業過多的原因，又有內外資企業稅制差異過大，削弱了公平競爭的基礎的原因，還有稅收優惠政策不合理，過多、過濫的原因。
二、優惠政策濃厚的“成份論”和“地區論”給我國經濟發展帶來不良影響
眾所周知，我國經濟改革的目標是建立社會主義市場經濟體制，公平競爭是市場經濟正常運轉的必要條件。公平競爭原則要求參與市場交易活動的主體不論其經濟性質，也不論其國籍，在市場經濟中的地位一律平等，即都在公平合理的環境中參與競爭。現行內、外資企業所得稅制優惠政策濃厚的“成份論”，致使二者不僅在優惠的范圍、內容、形式、地區、程度等方面都存在很大差異，而且在稅制變動的銜接方面，政策天平總是向外資企業傾斜，稅制變化時，只保證外資企業的實際利益不受損害，造成了內、外資企業稅負不公。存在的問題主要表現為以下幾方面
（一） 外資企業稅收優惠全面寬于內資企業
內資企業的優惠政策主要側重于社會福利、勞動就業、貧窮地區扶植等方面，項目較少，優惠力度較小；而對外資企業的優惠政策則側重于吸引直接投資、鼓勵出口、使用先進技術等方面，優惠程度深，力度大，外資企業享受的優惠待遇一般都寬于內資企業。使得外資企業迅速占領我國市場，從而抑制或沖擊了民族工業和國內幼稚產業的發展。外資企業本身在技術水平、管理方法、資本運營等方面就比內資企業具有明顯的優勢，再加上過多、過度和“散濫”的優惠政策，非但沒有起到所得稅應有的積極效應，反而給民族經濟發展帶來了消極的影響。長此以往，國內企業在愈來愈充分競爭的國內外市場中，將處于極為不利的境地。
（二）外資企業享受超國民待遇，誘發眾多的假外資、假合資現象出現
“國民待遇”是國際法中的一個術語，其基本含義是一國給予外國人的待遇不應低于本國人，以避免外國人待遇上的“歧視”現象發生。稅收上的國民待遇原則主要包括國籍無差別、常設機構無差別、費用扣除無差別和企業資本無差別。國民待遇原則的實質就是公平原則，要求不分納稅人的“身份”如何，資本來源如何和所處地區如何，一律一視同仁，平等對待，而不是追求外國投資者比所在國國民享有更為優惠的待遇。相比之下，我國目前對外資企業實施的超國民待遇違背了公平競爭的原則，造成了對外不歧視對內卻歧視的狀況。如果說在改革開放初期，市場體系尚未建立，經濟發展受制于資源條件的約束，特別是資金的約束，通過涉外稅收優惠以吸引外資有其合理性，那么到了市場經濟體制逐步建立和完善，我國已經加入WTO的今天，外資企業繼續享受超國民待遇，顯然不利于市場功能的發揮。這不僅直接減少了稅收收入，還帶來了稅制復雜化以及稅收征管成本的增加，誘發了眾多假外資、假合資現象的出現。內、外資企業稅制間巨大的“利差”，使一些內資企業紛紛想方設法佩帶“外資企業”的光環，借外商投資企業之名享受稅收優惠之實，致使我國稅收大量流失。現實經濟生活中最明顯的例子是假外資泛濫，某些國內資金先流到國外變成外資，然后再以外資的名義投資國內，即資金上的“出口轉內銷”現象較為普遍；或外商出小頭，中方出大頭的小外資大中資；或投入的資金驗資后又抽出到其他地區去辦合資，用有限的資金在全國各地辦了許多合資企業，從中享受優惠政策，賺取高額利潤等，這與國家引進外資的初衷相悖。有些地區則將稅收優惠當作吸引外資的靈丹妙藥，甚至出現地區間的優惠攀比，惡性競爭等。
