1.把握好專項審計調查的特點
首先要充分了解專項審計調查的特點，合理把握其與傳統意義上的審計在審計目標、審計范圍、審計方法等方面的異同，做到“心中有數”。總結起來，專項審計調查有以下七個方面的特點：
1.1審計目標的建設性和宏觀性
傳統審計的主要審計目標是查錯糾弊，而專項審計調查的出發點和著眼點，不僅限于查處違法違規問題，而是要在全面揭露這些問題和后果的基礎上，從政策、制度和管理等多方面重點分析產生問題的深層次原因，向政府及有關部門提出完善宏觀政策、健全法規制度、加強綜合管理的建議。
1.2審計調查對象的廣泛性
根據專項審計調查所指的特定事項，其調查對象往往要涉及與此相關的多個領域、多個部門或多個單位，如對農村公路“村村通”工程的審計調查，根據資金流向，其調查對象就包括（1）財政部門；（2）交通管理部門；（3）工程設計、施工、監理、材料供應等單位；（4）受惠的村委及農戶，等等。
1.3審計調查內容的相對集中性
專項審計調查不是全面審計，它是圍繞與財政財務收支有關的特定事項來進行的，所以內容相對比較集中。而且，由于其涉及的對象比較廣泛，為了集中力量，保證重點，故與其關系不密切或不相關的問題，一般不予涉及。
1.4取證范圍的多樣性
專項審計調查不僅要查明事實真相，還要進行綜合分析，提出有益的審計建議，發揮好建設性作用，僅僅取得違法違規問題的證據，是遠遠不夠的，僅有與財政財務收支相關的審計證據也是不夠的，其他非財政財務收支方面的證據，具有同等重要的作用。這就決定了其取證范圍比傳統審計更廣泛，形式也更豐富。
1.5取證方法的靈活性
專項審計調查的取證方法，從根本上脫離不了傳統審計的常用方式。但由于取證范圍的廣泛性和所需審計證據的多樣性，除了采取傳統審計中常用的檢查、計算、分析性復核等取證方法，一般還要運用諸如普遍調查、重點調查、分析研究、訪談法、問卷法等方法進行調查。
2.把握幾個環節，保證專項審計調查質量
2.1做好立項
立項重點應圍繞地方黨委、政府的經濟中心工作，重點調查地方在執行國家政策法規過程中存在的問題和重大決策的落實情況、經濟運行和管理中存在的突出問題和難點問題、社會關注度高的熱點問題。在當前的社會形勢下，應將專項審計調查的監督內容確立為教育、醫療衛生、社會保障、扶貧、環保以及“三農”等關乎民生、社會穩定及節能降耗等專項資金的管理和使用。選好項目，調查工作便有了成功的前提。
2.2規范審計行為，防范審計風險
首先要制定科學合理的審計調查方案。項目確定后，先要做好調查研究，對所要調查事項的詳細情況有充分了解，并充分估量審計調查過程中的可能遇到的困難和問題，對調查的目的、方式方法、范圍、重點、參加人員及任務分配等作出明確、具體的安排，在此基礎上制定出細致的、操作性強的審計調查方案，指導審計調查全過程的工作。
其次，規范審計調查程序，控制審計風險，保證審計質量。從調查組的成立、人員分工、調查的進行到報告提交，都嚴格遵循《審計機關專項審計調查準則》的規定，規范審計調查行為。堅持宏觀與微觀、點與面的有機結合，通過審計人員良好的專業判斷，確立控制風險水平和可容忍誤差。科學運用現代統計技術和方法，以抽樣審查代替全面審查，可以有效減少審計工作量，節約審計成本，保證審計質量。
最后，善于利用計算機進行輔助審計，可以省略大量的數據核對和比較、抽樣證賬等工作，達到降低審計風險、節約時間和成本的效果。如開展對社保資金及稅費征收等的調查，如果用傳統的審計方法人工計算和核對，除效率低外，結果也不一定理想。而如果利用計算機進行統計、核對和篩選工作，結果準確快捷，可以節省大量的時間和精力。
2.3做好綜合分析，提出建設性的審計調查建議
審計調查結束后，要達到好的效果，就必須要全面深入地揭露問題，從政策、制度、機制和管理等方面進行綜合分析，揭示問題背后隱藏的深層次原因，提出具有針對性、宏觀性、前瞻性和可操作性的措施和建議，撰寫出高質量的審計調查報告。比如： 在對財政年初預算安排的項目資金的執行情況進行績效審計調查時，發現年底尚有大量項目資金滯留在財政賬戶上， 在這種情況下， 必須對滯留原因展開調查，查明原因之后，對其進行歸納分類，分清哪些問題是由于制度缺陷造成的，哪些是由于體制不健全造成的，哪些是由于機制運行不符合科學發展觀造成的，從而針對性地提出建設性意見和建議，充分發揮審計免疫系統的功能，促進相關單位及部門規范管理，提高資金使用效益。
2.4充分利用審計的披露權， 提升審計調查結果的利用水平。
審計調查報告一般只提出調查建議，不做出處理處罰決定，其法律強制力較弱。審計報告出臺后，相關執行部門容易不夠重視。審計機關往往需要與相關執行單位或部門屢次溝通，跟蹤落實審計建議。在此情況下，審計機關可充分利用法律賦予的披露權， 以審計通訊、審計要情或通過各新聞媒體等方式披露審計調查過程中發現的重要問題及其整改情況，這可引起政府和相關部門的高度重視，有利于促進調查建議的落實，提升績效審計調查成果的利用水平。
