一、《指引》和《辦法》的相同之處
（1）研發(fā)活動(dòng)范圍基本相同。《指引》和《辦法》中均規(guī)定企業(yè)從事的研發(fā)活動(dòng)必須屬于《國家重點(diǎn)支持的高新技術(shù)領(lǐng)域》，《辦法》中還要求必須同時(shí)屬于國家發(fā)展改革委員會(huì)等部門公布的《當(dāng)前優(yōu)先發(fā)展的高技術(shù)產(chǎn)業(yè)化重點(diǎn)領(lǐng)域指南》規(guī)定的范圍，兩者基本相同；（2）研發(fā)項(xiàng)目的確定基本相同。《指引》中的研發(fā)項(xiàng)目是指“不重復(fù)的，具有獨(dú)立時(shí)間、財(cái)務(wù)安排和人員配置的研發(fā)活動(dòng)”；《辦法》中規(guī)定的研發(fā)項(xiàng)目是由企業(yè)總經(jīng)理辦公會(huì)或董事會(huì)以決議文件形式批準(zhǔn)立項(xiàng)的研發(fā)項(xiàng)目，兩者實(shí)質(zhì)基本相同，角度不同；（3）賬簿設(shè)置基本相同。《指引》和《辦法》中均要求企業(yè)必須建立研發(fā)費(fèi)用投入核算體系，對(duì)研發(fā)費(fèi)用實(shí)行專賬管理，建立專項(xiàng)明細(xì)賬；（4）科目設(shè)置完全相同。兩者均須按照會(huì)計(jì)準(zhǔn)則規(guī)定設(shè)置核算研發(fā)費(fèi)用的會(huì)計(jì)科目；（5）費(fèi)用歸集方式基本相同。《指引》和《辦法》中均規(guī)定企業(yè)應(yīng)按照不同研發(fā)項(xiàng)目分別歸集直接費(fèi)用和可以計(jì)入的間接費(fèi)用；
二、《指引》和《辦法》的不同之處
（一）比例不同
《辦法》沒有比例限制，而《指引》中限制比例較多，如：
（1）人員比例要求具有大學(xué)專科以上學(xué)歷的科技人員占企業(yè)當(dāng)年職工總數(shù)的30%以上，其中研發(fā)人員占企業(yè)當(dāng)年職工總數(shù)的10%以上；
（2）研發(fā)費(fèi)用比例要求，近三個(gè)會(huì)計(jì)年度的研究開發(fā)費(fèi)用總額占銷售收入總額的比例符合如下要求：
①最近一年銷售收入小于5,000萬元的企業(yè)，比例不低于6%；
②最近一年銷售收入在5,000萬元至20,000萬元的企業(yè)，比例不低于4%；
③最近一年銷售收入在20,000萬元以上的企業(yè)，比例不低于3%。其中，企業(yè)在中國境內(nèi)發(fā)生的研究開發(fā)費(fèi)用總額占全部研究開發(fā)費(fèi)用總額的比例不低于60%；
（3）高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入占企業(yè)當(dāng)年總收入的60%以上；
（4）企業(yè)在中國境內(nèi)發(fā)生的研究開發(fā)費(fèi)用總額占全部研究開發(fā)費(fèi)用總額的比例不低于60%；
（5）其他費(fèi)用比例要求不能超過總研發(fā)費(fèi)用的10%。
（二）范圍不同
《辦法》規(guī)定的抵扣范圍采用列舉法，沒有列舉到得費(fèi)用是不能抵扣的，《指引》沒有明確要求。
（1）在人員人工費(fèi)用規(guī)定方面，《辦法》所列人員人工費(fèi)用為在職直接從事研發(fā)活動(dòng)人員的工資、薪金、獎(jiǎng)金、津貼、補(bǔ)貼，而不包括《指引》所列的與任職受雇相關(guān)的其他支出，如企業(yè)為研發(fā)人員繳納的五險(xiǎn)一金支出等；
（2）在折舊費(fèi)用方面，《辦法》所列折舊費(fèi)用為專門用于研發(fā)活動(dòng)的儀器、設(shè)備的折舊費(fèi)，而《指引》包含研究開發(fā)項(xiàng)目在用房屋建筑物的折舊費(fèi)用，以及研發(fā)設(shè)施改建、改裝、裝修和修理過程中發(fā)生的長期待攤費(fèi)用；
（3）在其他費(fèi)用方面，《辦法》所列其他費(fèi)用包括技術(shù)圖書資料費(fèi)、資料翻譯費(fèi)、研發(fā)成果的論證、評(píng)審、驗(yàn)收費(fèi)用，而不包含《指引》所列辦公費(fèi)、通信費(fèi)、專利申請維護(hù)費(fèi)、高新科技研發(fā)保險(xiǎn)費(fèi)等；
（4）委托外部研發(fā)時(shí)，《辦法》要求對(duì)委托開發(fā)的項(xiàng)目，受托方應(yīng)向委托方提供該研發(fā)項(xiàng)目的費(fèi)用支出明細(xì)，否則，該委托開發(fā)項(xiàng)目的費(fèi)用支出不得實(shí)行加計(jì)扣除，而《指引》對(duì)此沒有要求;
（5）合作開發(fā)項(xiàng)目，《辦法》規(guī)定，對(duì)企業(yè)共同合作開發(fā)的項(xiàng)目，由合作各方就自身承擔(dān)的研發(fā)費(fèi)用分別按照規(guī)定計(jì)算加記扣除，而《指引》對(duì)此卻沒有明確規(guī)定。
（三）備案資料不同
《辦法》要求向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)報(bào)送資料時(shí)，應(yīng)提供省及省以上經(jīng)貿(mào)、科技相關(guān)部門文件、計(jì)劃或建議書，且該文件、計(jì)劃或建議書，應(yīng)能證明研究開發(fā)項(xiàng)目屬于《國家重點(diǎn)支持的高新技術(shù)領(lǐng)域》和國家發(fā)展改革委員會(huì)等部門公布的《當(dāng)前優(yōu)先發(fā)展的高技術(shù)產(chǎn)業(yè)化重點(diǎn)領(lǐng)域指南(2007年度)》范圍，并達(dá)到省內(nèi)技術(shù)和工藝領(lǐng)先、具有推動(dòng)作用，但《指引》對(duì)此沒有要求；
另外，國家政策中（《指引》）還有不明確和不太合理的地方。比如研發(fā)投入必須占銷售收入的一定比例中的“銷售收入”，究竟是指主營業(yè)務(wù)收入還是指營業(yè)收入；還有就是當(dāng)年銷售收入在20,000萬元以上的企業(yè)，研發(fā)投入占銷售收入的比例不低于3%。2個(gè)億的銷售收入與20個(gè)億、200個(gè)億的銷售收入相差巨大，但研發(fā)投入的比例要求卻相同，似乎不太合理。
從以上兩個(gè)文件的分析比較可以看出，《辦法》規(guī)定的可加計(jì)扣除的研究開發(fā)費(fèi)用與《指引》所歸集的研究開發(fā)費(fèi)用存在很大的差異。按《辦法》歸集的研究開發(fā)費(fèi)用的口徑大大小于按《指引》要求歸集的研究開發(fā)費(fèi)用，這些費(fèi)用的扣除都非常強(qiáng)調(diào)相關(guān)性原則，即只有與研究開發(fā)活動(dòng)直接有關(guān)的費(fèi)用才能加計(jì)扣除。因此，高新技術(shù)企業(yè)進(jìn)行研究開發(fā)費(fèi)用加計(jì)扣除和高新技術(shù)企業(yè)備案時(shí)必須加以注意，一定要嚴(yán)格按照《辦法》和《指引》的不同要求分別整理資料進(jìn)行備案，否則存在潛在的風(fēng)險(xiǎn)，尤其是現(xiàn)在《辦法》和《指引》都采用備案制，備案制與審批制存在著實(shí)質(zhì)性的差別。
