農(nóng)業(yè)專項資金是國家用于解決農(nóng)村安全飲水和以提高農(nóng)村土地質(zhì)量為目的土地整理、土地治理等專項資金，涉及部門有農(nóng)業(yè)、林業(yè)、水利和國土資源等部門，具有項目管理單位多、項目資金使用區(qū)域廣、項目金額大等特點，管好用好這部分資金，對農(nóng)民增產(chǎn)增收和提高農(nóng)民生活水平有著重要的作用。在近幾年的農(nóng)業(yè)專項資金審計實踐中，從以下幾方面開展審計，達到了預期效果。
一、 項目工程招投標審計
主要是對工程項目計劃、工程招標資料和工程施工合同進行審查核實，看是否按照工程實施方案進行公開招投標，有無以議標代替公開招標；有無只對材料單價進行公開招標，將項目直接委托施工單位建設(shè)；有無將項目肢解，分成多個小項目，規(guī)避招標；有無將項目分成多個項目，一個項目招標，其他部分一并施工等問題。
二、項目施工現(xiàn)場實地勘查審計
主要是到項目施工現(xiàn)場，采用實地堪丈、記錄、計算、分析等方法，審計項目是否按照設(shè)計全部完成，有無擅自減少工程項目，完成部分工程項目或擅自變更工程項目，變更項目是否經(jīng)有關(guān)部門和原設(shè)計單位許可。
三、項目資金審計
通過對工程資金收支憑證、賬簿、銀行對賬單等資料進行核對分析，審計中央、省、市、縣財政資金是否按計劃足額到位，有無以項目區(qū)群眾自籌資金代替地方財政配套資金；是否按照專項資金管理辦法支付資金，有無用甲項目資金支付乙項目工程款，有無不按工程進度隨意支付資金，有無截留、挪用資金；是否有同等金額而且時間相近的一收一支，看其是否有專款資金先撥付、后以其他名目轉(zhuǎn)回的現(xiàn)象；有無項目主管單位與施工單位串通，以加大工程合同承包價的手段，從施工單位套取專項資金，私設(shè)“小金庫”，用于單位的不正當開支，或者從施工單位套取工程材料等用于單位其他項目建設(shè)。
四、項目工程決算審計
實行項目資金收支審計和項目計劃、設(shè)計及實際完成情況審計相結(jié)合。首先，核對資金收支憑證、賬簿等會計資料決算數(shù)與項目計劃數(shù)和實際完成數(shù)是否一致；核對工程項目實施記錄和工程監(jiān)理記錄，計算材料實際用量與賬面材料實際支出數(shù)量是否相符，看是否有高估冒算或材料實際使用量小于決算量的現(xiàn)象。其次，結(jié)合實際勘查和核實，看是否有工程實際完成數(shù)量小于決算數(shù)量的現(xiàn)象。
五、 項目工程不可預見費審計
由于有些農(nóng)業(yè)建設(shè)項目設(shè)計與計劃批準和施工之間時間跨度比較長，有的甚至相差幾年，給項目實施帶來了一定的難度，增加了不可預見費用支出。對這部分審計，首先，要將發(fā)生費用與工程施工合同核對，有無這方面的條款；其次，到工程施工現(xiàn)場進行實際調(diào)查了解，要將發(fā)生費用與工程設(shè)計核對，是否與設(shè)計一致，有無這部分支出預算。
六、項目區(qū)隨機走訪審計
在項目建設(shè)審計中要隨機抽查走訪有關(guān)項目區(qū)村、組和農(nóng)戶，座談了解有關(guān)農(nóng)業(yè)專項資金項目工程的施工過程，資金的運用、材料的采購、撥付和群眾自籌資金的使用情況，有無專項資金不到位和向項目主管單位交付管理費用等問題。對以人數(shù)為基數(shù)補助發(fā)放的農(nóng)機具補助等專項資金，在對提供資料分析、核對、歸納的基礎(chǔ)上，要深入基層，走訪有關(guān)村、組和農(nóng)戶，辨別其真實性，防止弄虛作假等問題發(fā)生。
