一、傳統的國庫集中支付制度存在缺陷
一直以來，我國實行的國庫支付財政制度都是受到了傳統體制的影響而逐步形成的，并且具備資金支付過于分散、預算單位擁有多個戶頭等特點。一下幾點為筆者總結的國庫支付制度中存在的顯要的缺陷。
(一)對于使用財政資金的預算單位的事前監控和事中監控力度不夠
一般來說，預算單位普遍會設置重復或分散的賬戶，加上其財政資金流動的環節繁多，相關部門對于財政資金使用的過程中的監督力度不足。預算單位自行使用和管理銀行賬戶，對資金是實際運作起決定性作用，而財政部門只能通過查看、檢驗預算單位的財務報表而進行事后監督，無法及時有效的發現并阻止預算單位在財政資金使用過程中的違法違規行為。
（二）分散的支付或存儲資金會增加財政部門的運作成本
分散的支付或存儲財政資金可能導致大量的財政資金滯留在預算單位的賬戶上，降低資金的使用效率。而財政部門為了發展經濟建設需要大量的資金，由于資金的滯留不得不向銀行高息借貸，從這個方面來講就是增加了財政部門的運作成本。
(三)財政部門無法及時了解財政資金的運行情況，難以全面的了解財政資金的運行情況
財政資金基本上分散于預算單位在不同商業銀行開設的不同賬戶中，中央銀行和財政部門無法及時、全面的了解財政資金的具體運行狀況，因此無法及時、準確的對財政的未來和宏觀形勢作出判斷。
二、改革中實行的國庫集中支付制度所取得的喜人成績
財政改革中的國庫集中支付制度由預算單位的單一賬戶代替原來的多重賬戶；由財政直接支付為主、預算單位自行支付為輔代替原來的預算單位自行支付；由財政資金統一存放財政部門代替原來的分散存放；由財政部門實時反饋、實時監督財政資金代替原來的時候反饋、事后監督。具體成效有以下幾點：
(一)財政部門宏觀調控資金的力度得以提升
國庫集中支付制度有利于資金的統一調度及統一運作，增強了政府部門宏觀調控資金的力度，在提高了財政資金的使用率的同時降低了財政部門的運作成本。另外，國服集中支付制度一下解決了傳統制度中財政資金撥付環節繁多及預算單位多重設戶問題，預算單位的財政資金集中于國庫，財政部門直接撥付每筆預算支出，減少不透明的環節，降低財政資金撥付過程中不必要的支付成本，提高了財政資金的使用率。另外，由國庫或中央銀行的單一賬戶保存預算單位結余的資金能夠加強財政部門對于資金的統一調度及統一管理，最大可能的發揮財政資金帶來的效益，真正實現集中力量辦大事的財政原則。
(二)預算單位的財政收支行為得到了有效的規范
國庫集中支付制度強化了財政預算的執行情況，由于實際的財政資金并不到預算單位的賬戶上，預算單位的財政收支行為得到了有效的規范，預防預算單位挪用、截留、擠占財政資金等惡性行為的發生。
(三)提高財政部門的監督力度，完善監督制度
國庫集中支付制度將預算單位、支出單位及國庫支付部門三者形成相互監督、相互制約的關系，加強了國庫對財政支出過程中的監督力度，從源頭遏制非法、違規的支出，使財政資金的使用率得到了有效的提高。以現代化的科學技術為輔助手段，財政部門通過代理銀行及時反饋的資金運轉情況，對每筆財政資金進行了全過程、及時的監督與控制，有效的防止了腐敗的發生。
(四)規范管理預算資金，強化預算執行與監督
為了加強對預算資金的管理使用的監督力度，應該建立統一、規范、高效的預算資金申請與撥付關系，樹立依法執行預算的觀念。因為預算是通過人民代表大會審議品準的，任何個人或機構都應該嚴格按照預算執行。如有需要調整的部分也應該按照法律程序報批后經調整、批準后方可更改。
三、完善改革中的國庫集中支付制度的主要途徑
雖然國庫集中支付制度的改革已經取得了喜人的成績，但是某些個人或預算單位沒有徹底的理解改革的國庫集中支付制度，甚至存在抵觸情緒，為此可以采取以下途徑完善國庫集中支付制度。
(一)改革預算會計制度
國庫集中支付制度的改革使預算單位支出與財政支出的核算方法也發生了變化。在財政部門設立“國庫集中支付資金”賬戶進行詳細的核算內容有利于實現對預算資金的價值管理，在行政單位設立相關資產的詳細賬戶有利于實現對預算資金的事務管理。
(二)加強對預算單位的管理力度
為維護正常的經濟秩序，相關部門可以整理、歸類及修訂對預算單位的開支費用標準，并通過出臺相關法律法規加強對預算單位的財務管理力度，完善統一費用開支標準。
(三)提高預算單位認識，轉變其觀念
通過各種宣傳途徑似的預算單位及個人認識到改革國庫集中支付制度的重要意義及積極影響，使相關財務人員熟悉新政策、新程序，使預算單位提高認識、轉變傳統觀念，理解并大力支持國庫集中支付制度的改革。
(四)對財務人員進行專業培訓
國庫集中支付制度的實行會帶動支付方式、會計核算等方面的巨大變化。為了提高財務人員的綜合素質及工作能力，我們應該對財務人員進行培訓工作，規范核算的炒作，提高核算的地位，讓所有的財務人員能夠了解并熟悉國庫集中支付政策及操作程序，從而進行正確的會計核算工作。
(五)圍繞財政部門建立網絡信息平臺
只有構建與時俱進的財務信息系統才能實現全面的、及時的、垂直化財務管理。以財政部門為核心，建立一個安全高效實時的網絡平臺，將預算單位與國庫支付中心、商業銀行、相關財政部門等聯系起來，并能夠進行資金預算、監控、實時查詢、分析、統計等內容，真正實現事前監控。
