隨著事業單位的企業化管理，各種管理制度的不斷建立和完善，內部控制制度也得到相應的健全，從而保證了各項經濟活動的有效進行。但是，事業單位同企業有著截然不同的區別，它們多以特定服務或者公益性目的而存在，其內外部運營有著很強的計劃性和政策性，其內控制度還存在許多問題。
一、現階段事業單位中的會計制度
目前事業單位運營所需資金大多都是由國家財政撥款，當資金從外部進入任何一個事業單位內部以后，就會被會計按照該機構的組織方式劃分成很多個資金鏈。其中，最大的兩條資金鏈就是內部資金和外部資金，其分別以兩種獨立的流動方式存在，彼此不受干擾，內部資金主要是履行事業職能的國家財政撥款、事業性收費的財政專戶返還收入；外部資金主要是經營性收費按規定納稅的經營收入，內、外資金分別進行獨立核算，實行不同的核算制度，內部資金按收付實現制，外部資金按權責發生制。
事業單位會計制度規范性強，但經營性行為不足。所謂經營性行為，就是事業單位在市場經濟環境下，主動豐富傳統的資金來源渠道，讓資金的來源更具靈活性，在資金使用上更具建設性意義的財務活動。事業單位傳統的會計制度恰恰缺乏這種經營性行為，單一追求收支平衡，不講求資金的多元化調配，行政命令在很大程度上制約了事業單位經營性活動的開展，因為事業單位的資金都是需要經過審批才能夠使用的。事業單位的會計要做的就是在相對固定的資金鏈條進行記賬、算賬和報賬，周而復始，唯一變動的就是賬本上的數值。
二、事業單位會計制度的變革
(一)在會計要素方面
《事業單位會計制度》的規定包括五個會計要素，即資產、負債、凈資產、收入和支出，因此事業單位會計改革可從這幾方面著手。
1、資產方面
資產是會計核算中的重點，任何一套會計制度對于資產的規定都是很詳細的?！睹耖g非營利組織會計制度》對這方面的規定相對完善。首先，關于固定資產?！妒聵I單位會計準則(試行)》規定“固定資產的入賬時間為辦理竣工結算手續的時間”，《民間非營利組織會計制度》規定“在建工程應當按照所建造工程達到預定可使用狀態前實際發生的全部必要支出確定其工程成本”，即固定資產的入賬時點為“達到預計可使用狀態”。在現階段我國的建筑行業中存在一些問題，其中之一就是由于各種原因推遲辦理竣工結算手續(雖然工程實際上已經可以使用了)，這時如果堅持以辦理竣工結算手續作為資產入賬時間就會使固定資產遲遲不能人賬，所以，在事業單位會計制度改革中建議其借鑒這條規定，使固定資產的入賬時間不受非正常因素的影響。其次，關于減值準備。《民間非營利組織會計制度》規定“民間非營利組織應當定期或者至少于每年年度終了，對短期投資、應收款項、存貨、長期投資等資產是否發生了減值進行檢查，如果這些資產發生了減值，應當計提減值準備，確認減值損失，并計人當期費用。對于固定資產、無形資產等其他資產，如果發生了重大減值，也應當計提減值準備，確認減值損失，并計人當期費用”。
2、凈資產方面
《事業單位會計制度》規定，事業單位凈資產包括事業基金、固定基金、專用基金和結余?；?、項目收支相抵年末有結余進行分配后轉入事業基金等，即結余科目年末沒有余額。實際工作中，在年終決算報表和財務會計報表對項目結余填制不一致，年終決算報表要求填到項目結余，財務會計報表已對項目結余進行分配后轉入事業基金等。制度在凈資產方面的改革中應有明確規定，使年終決算報表和財務會計報表對項目結余規定一致。
3、收入和支出方面
將目前的收支項目進一步細化，這樣可以適應一部分事業單位走向市場的改革趨勢。如收入分為財政補助收入、捐贈收入、會費收入、經營收入和其他收入等；將支出分為事業支出、業務活動成本、經營支出和其他支出。
(二)財務會計報表的規范化
事業單位財務會計報告是反映事業單位財務狀況和收支情況的書面文件，是財政部門和上級單位了解情況、掌握政策、指導單位預算執行工作的重要資料，也是編制下年度單位財務收支計劃的依據。我認為財務會計報告應在如下三個方面進行完善：改進會計科目的核算方法，如對固定資產計提折舊，在資產負債表中的“固定資產”項目下，增設“固定資產原值”、“累計折舊”和“固定資產凈值”項目，以反映固定資產的新舊程度。加強對會計報表附注的說明。在執行事業單位會計制度的情況下，對現階段難以用貨幣計量的信息及不穩定的特殊信息進行披露，以便財務報告的使用者對單位進行更為全面的了解和分析。強化財務報告審計，事業單位也可委托中介機構對年終財務報告進行審計，以現行財務制度和有關政策規定為依據，對重點指標進行政策性審核，對報告編制的正確性和真實性進行規范性審核，從而提高單位資金使用效率，堵塞日常工作中的漏洞、防止腐敗、對建立健全內部控制制度起到積極的作用
(三)加強政府審計和社會監督
隨著我國經濟總量的增大，經濟實力的進一步增強，財政收支規模日益擴大。同時，政府審計的地位和重要性進一步提高。政府審計對于維護經濟秩序，反腐倡廉，提高財政資金的使用效果和效率發揮著極為重要的作用。然而，我國現行預算會計仍以收付實現制為基礎。會計標準是政府審計的重要依據。如果仍采用收付實現制，必然會影響到審計的標準和質量，影響審計監督職能的發揮，甚至影響到一個高效廉潔的政府的建立和運行。此外，社會公眾的民主參與意識不斷增強，他們希望更多地了解財務狀況、受托責任的履行，績效評價，使用納稅人的公共財富后，對社會的貢獻是近期還是遠期，也只有進行權責發生制的改革，才能提供更充分的會計信息。
