國家公布的深化醫藥衛生體制改革的意見和實施方案中已經明確規定“推進醫藥分開，逐步取消藥品加成，不得接受藥品折扣。逐步將公立醫院補償由服務收費、藥品加成收入和財政補助三個渠道改為服務收費和財政補助兩個渠道”。當前綜合醫院平均藥品收入占總收入比率達42％(據2009年中國衛生統計資料)，醫院運行依賴“以藥補醫”，醫藥分開后，由于取消藥品加成，公立醫院將失去主要的補償途徑，這需要加大服務收費與財政補助投入。
一是財政補助項目。根據醫改意見和實施方案，結合醫院運行實際，在實行醫藥分開后，為確保公立醫院正常運行，需要對醫院以下項目重點進行財政補助：醫院建設發展補助，主要包括醫院重點學科發展、基本建設和大型設備購置等業務建設發展；醫院保障經費補助，符合國家規定的離退休人員費用和政策性虧損補償等；公共衛生專項補助，主要包括政府指定的緊急救治、援外、支農、支邊、預防保健、三無病人救治等公共服務。
二是財政補助經費來源。醫改意見中已明確政府在提供公共衛生和基本醫療服務中占主導地位。增加衛生投入、加大公立醫院投入、政府衛生投入增長幅度要高于經常性財政支出增長幅度已成為中央和地方政府的共識。醫藥分開后，公立醫院的財政虧損需要政府的財政資金來補貼，這需要積極探索多種有效方式來籌集補貼資金改革以藥補醫機制。財政收入經費。通過上級及本級財政直接增加撥款投入，經費來源于財政收入。但公立醫院的補償不能完全依靠國家的財政補貼，還要探索財政補貼經費來源的其他途徑。醫保補償基金。可將醫保結余資金一定比例劃作公立醫院補償專項資金，作來補貼公立醫院。只要使用合理、方法得當，不僅能夠有效緩解公立醫院經費緊張的矛盾，而且還可以提高醫保資金使用效果。此外“全民醫保”的實施，國家將落實和完善政府補助政策，逐步提高籌資水平和政府補助標準，增加基本醫療保障投人，通過醫保的轉移支付，也將增加對醫院的補償。增加服務收費。通過增設藥事服務費，增加、提高體現醫務人員勞動價值的收費項目與收費標準，調整部分技術服務收費標準，這些收費項目通過醫保來支付，也不會給政府財政帶來過多的負擔。藥品購銷差價。醫療服務價格應遵循市場經濟規律，醫藥分開并不意味著醫院藥品銷售沒有差價，而完全按進價零售。醫院藥品銷售全部取消加成，完全按進價銷售，是脫離實際、違反市場經濟規則的，國家財政也無力全額承擔的。可以借鑒“安徽蕪湖模式”，成立財政全額撥款的藥品管理中心，負責全市公立醫院的藥品采購與配送，藥品銷售收入全額納入本級財政收入，藥品在進價基礎上加成10％，對醫院直接補貼8％，2％納入考核年終補助。對社區衛生服務站與鄉鎮衛生院等最基層醫療衛生單位，藥品可以按進價銷售，財政全額負擔其經費。這樣可以有效緩解財政經費緊張的局面，又能達到醫藥分開的目的。此外，還可以完善社會慈善捐贈辦法，鼓勵民營、社會資本加大對醫療衛生慈善事業的捐贈，拓寬公立醫院補償渠道。
三是財政補助經費分配。財政補助經費分配應綜合考慮醫院單(專)項與整體情況，出臺財政經費投入分配管理方案與辦法，確保公平、公正、公開。專(單)項經費應直接補助。如重點專科建設經費、援外經費、科研經費、醫療救助經費、公共衛生經費等應按專(單)項經費補助管理辦法直接考核投入。常規經費應綜合考核補助。正常經費投入考核分配應遵循公立醫院公益性質和社會效益原則，制訂考核分配方案。在方案制訂中應綜合考慮以下情況：醫院收費水平。醫院收費水平與財政補助應成反比，同級醫院中收費水平越高，財政補助應越低；醫院服務數量。服務數量應包括診療人次與住院人次、出院人次等指標；醫院服務質量。服務質量應包括醫院診療病種、病人滿意度等指標；醫院藥品收入占比。醫院藥品收入占比與財政補助應成反比，同級醫院中藥品收入占比越高，財政補助應越低，從而達到降低醫院藥品收入占比的目的；合理用藥情況。將合理用藥納入財政補助考核范圍，督促醫院規范合理用藥，從而提高醫療質量；醫院以前建設發展負擔水平。由于以前醫院建設發展投入財政基本沒有補助，醫院承擔的負債水平較重，特別需要將醫院近5年的建設投入與負擔水平作為考核指標納入財政補助；醫院經營管理水平。主要考核醫院收支結余率、投入產出比、醫院運營能力，成本―效益情況等。
通過完善財政補償機制，拓寬補償渠道，規范公立醫院運行，堅持以病人為中心，規范用藥、檢查和醫療行為，提高運營效率，以實現公立醫院的公益性，突出其社會效益的社會目標。
