隨著財政預算管理體制改革，財政集中支付制度隨即在行政事業單位普遍實施，效果明顯，財政集中支付減少用款單位接觸現金，全過程更易監控，對減少鋪張浪費違規違紀行為大有作用。
同時，財政集中支付制度對行政事業單位的會計核算行為也帶來一定變化：
1.預算單位內部結算的影響。預算單位內部核算是單位各部門之間為完成某項工作任務相互提供服務進行內部結算的賬務處理方式，單位正常運轉或完成特定任務，相互提供產品或服務必然存在內部結算業務，如內部服務部門提供的內部服務費用結算(分析測試費、復印費、交通費)等，費用進入項目成本，財政資金使用及內部會計核算難以處理，對會計核算帶來影響。
2.財政專項管理費分攤處理。專項管理費是指在項目研究開發過程中對使用本單位現有儀器設備及房屋，日常水、電、氣、暖消耗，以及其他有關管理費用的支出。
管理費可按照各專項經費管理的相關規定分攤或列支，實行國庫支付制度后，其分攤或列支與國庫資金支付對應銜接。按照財政資金專款專用規定，發生相關管理費前需要考慮零余額賬戶資金支出使用匹配，費用分攤需與國庫資金支出使用基本保持一致。但在財政資金規模較大，科研項目較多，會計核算量大的中央級事業單位財務管理中，財政資金國庫集中支付與管理費會計核算對應銜接，是實施國庫集中支付制度后財務管理實務亟待研究解決的問題。
3.實有資金賬戶墊資與國庫資金歸墊。依據財政部《中央單位財政國庫管理制度改革試點資金支付管理辦法》(財庫[2002]28號)、《關于規范和加強中央預算單位國庫集中支付資金歸墊管理有關問題的通知》(財庫[2007]24號)相關管理規定，預算單位必須按照規定程序和要求進行資金歸墊，且預算單位通過本單位實有資金賬戶墊付資金，須實行事先備案制度。
現實工作中，由于專項項目立項、論證、設計審查等程序復雜，從立項到預算批復周期長，而且項目立項能否成功存在不確定性，或者發生特殊、應急等事項，即費用支出存在資金歸墊問題，按照國庫支付資金歸墊管理的相關規定難以操作。
部分財政專項項目預算批復及下達較晚，且部分項目預算均為年度工作任務和預算安排，項目真正實施的時間較短，由于項目前期需開展部分工作(如設計審查、野外踏勘等)，需墊付部分資金，否則將影響項目執行以及年度任務的完成。
三、財政國庫支付制度預算單位內部核算解決的對策
1.統籌財務收支安排與國庫資金管理
依據單位年度預算批復、工作任務和各類專項落實情況，結合各類資金收支出和工作重點，統籌各類資金的安排和使用，編制預算單位的年度財務收支計劃。同時，依據國庫資金季度分與用款計劃，統籌年度(分月)資金使用和支出計劃安排，根據當月資金計劃執行情況及特殊事項變化，動態調整資金使用計劃，按照計劃安排和使用資金，避免資金使用的隨意性，國庫資金使用、費用支出及專項結余基本保持一致，符合財政國庫資金使用和財務管理相關規定。
2.國庫資金墊支及歸墊有關事項的探討
隨著財政預算管理制度的不斷完善和規范，專項項目預算逐步納入部門預算，專項項目預算單獨批復情況逐漸減少，從財政預算管理和國庫資金支付角度盡量避免資金歸墊，嚴格按照預算管理和國庫支付制度的相關規定執行。
但對于基建項目、特殊項目或事項，確實存在墊資和資金歸墊的問題，預算單位須將有關事項事先備案，將發生費用支出掛賬處理，待項目批復后按照國庫資金歸墊的程序辦理國庫資金歸墊手續。
若項目未批復，發生的費用支出由單位核銷支出并進行相應的賬務處理。
對于前期費用較大的支出，可依據事先約定合同條款先由預算單位以押金方式墊付部分資金，待項目批復后將押金退回預算單位，按照正常國庫資金支付方式付款，可避免資金歸墊復雜程序，即反映真實的經濟業務，又符合國庫資金管理規定。
確因業務工作需要而發生的國庫資金歸墊事項，建議簡化國庫資金歸墊的程序，歸墊事項事先向主管部門備案后，依據業務事項和相關證明材料，經財政專員辦審核確認后歸墊資金。
3.管理費用分攤與列支
依據預算單位財務收支計劃和國庫資金管理費用額度使用情況，通過輔助賬表合理安排管理費用支出，同時按照預算管理費用使用國庫資金，每月末將發生管理費用進行歸集，按照專項項目管理費相關規定分攤處理并進行調整，基本保持費用支出與國庫資金使用的一致性，符合會計核算、賬務處理的相關規定。
4.內部結算的處理
基層預算單位內部結算主要涉及內部分析測試費、交通費、復印費等內部服務。
依據預算批復和年度工作任務安排等，將內部分析測試費、交通費、復印費等按財政項目進行總體測算和統計，科學合理確認內部結算收入;在會計核算中對分析測試費、交通費、復印費等發生相關支出分類核算并歸集相關費用，依據部門內部提供服務的項目和國庫資金預算并按月或季度分攤相關費用，月末或季度末按預算科目或項目核對國庫資金的支出和內部結算支出情況，二者總體保持一致，解決國庫資金使用和單位內部結算難以處理的問題。
但對于國庫資金內部結算收入(如分析測試費等)較大的單位，其部門內部收入大于支出的情況，其內部核算難以處理，會計業務處理有待進一步研究。
5.國庫支付制度與預算管理、財務管理相關制度的有機結合
(1)適應財政國庫制度改革要求，強化預算管理
一是加強預算編制科學性、預見性，合理編制預算，細化預算編制，特別是內部結算預算的分解與落實安排，做好預算統籌安排，避免隨意性;
二是強化預算執行，依據預算批復嚴格執行，預算管理與會計核算緊密結合，強化預算意識，避免隨意使用資金;
三是統籌資金安排和使用，充分考慮國庫資金和實有賬戶資金安排，賬務處理須與不同賬戶資金使用、賬戶余額相匹配，避免國庫資金轉入實有資金賬戶，以符合財政國庫支付制度。
四是嚴格執行政府采購制度和公務卡強制結算，體現財政支出的公開、透明，減少公務支出中的現金結算，防止利用財政資金謀取私利等現象的發生，發揮財政監督職能，提高財政資金的使用效益。
(2)財政政策和財務管理制度的銜接
執行國庫支付制度需要預算管理、財務管理、會計核算等相關配套政策制度的銜接，預算單位在工作中遇到上述實際問題難以操作，缺乏政策制度的支持，影響了預算單位工作的執行;建議財政部門對國庫支付過程中存在的問題加以研究，制定相關配套制度，指導預算單位財務管理工作，解決預算單位國庫支付執行過程中存在的問題，促進預算單位的財務管理工作。
