《指導意見》高度重視推進公司制股份制改革，明確要“加大集團層面公司制改革力度”。未來，新一輪國有企業改革將過去主要在集團二級、三級公司層面推動的股權改革，上升到集團母公司層面。也就是國有獨資的集團母公司也要股權多元化，合適的可以結合混合所有制改革發展成為混合所有制企業。這有利于按現代企業制度要求和市場化方向，解決長期困擾國有企業集團“老體制管新體制”的問題。更重要的是，可以通過股權多元化或結合混合所有制改革，來優化國有企業的股權結構，進而完善公司法人治理結構，發揮董事會作為決策機構在公司治理中的核心作用。此外，產權層面的改革對于推行職業經理人制度，以市場化為導向、完善落實“三項制度”，消除國有企業內部行政化的思想意識和運行機制，加強激勵約束機制建設等，都具有基礎性的促進作用。實際上，國有企業完善現代企業制度、激發活力和提升效率的關鍵都在于推進產權層面的改革。
《指導意見》還提出“允許將部分國有資本轉化為優先股，在少數特定領域探索建立國家特殊管理股制度”，這為進一步優化國有企業股權結構、特別是改變國有股“一股獨大”格局，提供了條件。“優先股”使得國有資本保值增值更有保障，并賦予了國有資本更大的靈活性和更強的流動性；“國家特殊管理股制度”保證了政府在特定領域即使只有少數股權，仍具有否決權，不至于失控。
有研究者還提出“跨越國企股權結構拐點”的問題。一些研究顯示，當非國有股權比例達到33.4%以上時，公司治理和公司業績都會發生實質性、跳躍性的變化。其道理在于，中國公司法明確規定，股東大會做出修改公司章程、增加或者減少注冊資本決議，以及公司合并、分立、解散或者變更公司形式的決議，必須經出席會議的股東所持表決權的三分之二以上通過。如果非國有股東擁有33.4%的股比，就會對很多事項構成實質性的制約權。因此，從非國有股權是否跨越了這一拐點，可以判斷該混合所有制公司究竟是實質性的混合所有制，還是只是形式上的混合所有制。
針對企業員工持股這一議題，《指導意見》對于以前一些難以明確的部分問題給出了答案。一方面，明確了優先支持轉制科研院所、高新技術企業、科技服務型企業開展員工持股試點。另一方面，明確了支持科研人員、經營管理人員和業務骨干持股，員工持股主要采取增資擴股、出資新設等方式。對員工持股中的“員工”范圍界定和持股方式這兩個重要問題，給出了標準或指引，有助于實踐者能參照執行，從而規范有序地推進改革。如此，既能在把握得住的領域穩妥推動國有企業發展混合所有制經濟，又能“強化監督防止國有資產流失”，更好地防范潛在風險和避免可能的負面效果。
