隨著我國市場經濟體制的不斷完善與發展，事業單位的發展與市場經濟的聯系越來越緊密，在運營管理上，需要建立一整套管控體系，使之與市場經濟發展相吻合。2012年11月29日財政部制定了《行政事業單位內部控制規范(試行)》制度，自2014年1月1日起施行。為了推動事業單位內控建設，從技術層面可以依托軟件，利用網絡信息化，進一步提高行政事業單位內部管理水平。通過建立信息化平臺可提高公共服務的效率和效果，有效防范舞弊風險，確保資產安全和會計信息真實可靠。圍繞著信息化內控，行政事業單位在操作層面該如何實施：
首先：在治理層面，建立健全領導班子成員集體研究、專家論證和技術咨詢相結合的議事決策機制，避免“一言堂”局面出現，面臨重大項目決策，采用領導集體會簽制度。確保經濟業務活動中事項的決策、執行和監督相互分離。
其次：在業務操作層面，成立內部控制實施領導小組。由單位負責人擔任組長，小組成員由各個基層單位及相關科室負責人組成。實施過程中，如遇到業務審批流程中的標準，可以充分發揮成員的積極性及主動性，查找制度依據。在實施過程中內部控制設計應遵循的原則是全面、重要、制衡和適應，并且涵蓋單位的全業務，全流程，避免局部看待問題。
再次，在實施層面，由于設計內部控制應以業務流程為基礎，并鑲嵌在業務流程中，所以需全面梳理單位日常活動中發生的經濟業務活動，比如：非稅收款流程 、報銷費用流程、合同簽訂流程、項目支出流程以及采購存貨流程等。梳理完流程圖后，確定業務發生過程中的控制節點、控制標準、控制措施，對流程中的風險點如何驗證、如何量化，確保有效控制風險。全部流程中將單位預算管理、收支管理、政府采購管理、建設項目管理、資產管理、合同管理等全部業務模塊納入統一管控的體系中，將經濟活動及其梳理后的內部控制流程嵌入到信息系統中，減少或消除人為操縱因素，健全制度規范，完善流程控制，強化業務銜接，注重信息共享，形成聯動機制，實現財務和業務的有機結合，保障各項工作協同發展。根據內控業務流程，各個控制節點上需有量化的依據。
