一、會計處理
非同一控制下的控股合并中，購買方應當按照確定的企業合并成本作為長期股權投資的初始投資成本。企業合并成本包括購買方付出的資產、發生或承擔的負債、發行的權益性證券的公允價值，以及為進行企業合并發生的各項直接相關費用之和。其中，支付非貨幣性資產為對價的，所支付的非貨幣性資產在購買日的公允價值與其賬面價值的差額應作為資產處置損益，計入企業合并當期的利潤表。具體而言：
1.通過一次交換交易實現的企業合并，合并成本為購買方在購買日為取得對被購買方的控制權而付出的資產、發生或承擔的負債以及發行的權益性證券的公允價值。
2.通過多次交換交易分步實現的企業合并，合并成本為每一單項交易成本之和。形成企業合并前持有的對被購買方長期股權投資采用成本法核算的，其長期股權投資在購買日的賬面價值應為原賬面價值加上購買日為取得進一步股份支付的對價公允價值之和；形成企業合并前持有的對被購買方長期股權投資采用權益法核算的，在購買日應對權益法下長期股權投資的賬面價值進行追溯調整，將有關長期股權投資的賬面價值調整至其最初取得成本，在此基礎上加上購買日新支付對價的公允價值作為購買日長期股權投資的賬面價值。
3.購買方為進行企業合并所發生的各項直接相關費用也應當計入企業合并成本。該直接相關費用不包括為企業合并發行的債券或承擔其他債務支付的手續費、傭金等，也不包括企業合并中發行權益性證券發生的手續費、傭金等費用。
4.在合并合同或協議中對可能影響企業合并成本的未來事項作出約定的，購買日如果估計未來事項很可能發生并且對合并成本的影響金額能夠可靠計量的，購買方應當將其計入合并成本。
5.無論是同一控制下的企業合并還是非同一控制下的企業合并，形成的長期股權投資，其實際支付的價款或對價中包含的已宣告但尚未發放的現金股利或利潤，應作為應收項目處理。
二、差異分析企業長期股權投資的計稅成本應當以為取得該項投資所付出的全部代價確定。全部代價包括現金、非現金資產公允價、所承擔債務的公允價、所發行權益性證券的公允價，以及支付的相關稅費（不含企業所得稅），但不包括應自被投資單位收取的已宣告但尚未發放的現金股利或利潤。由此可見，非同一控制下控股合并取得的長期股權投資的計稅成本與會計成本基本相同。主要差異有：
1.非同一控制下企業合并發生的各項直接相關費用（資產評估費等）計入投資成本，稅法規定，企業實際發生的咨詢費、評估費等在發生的當期據實申報扣除。
2.通過多次交易分步實現的控股合并，長期股權投資的會計成本按上述規定處理，其計稅成本為各次計稅成本之和。被投資方用留存收益轉增資本，視同投資方追加投資，也應計入計稅成本處理。
3.財稅〔1994〕83號規定，由于外商投資企業從其境內投資的企業取得的利潤（股息），不計入本企業應納稅所得額，因此與該投資有關的可行性研究費用、投資貸款利息支出、投資管理費用等投資決策實施中的各項費用，不得沖減本企業應納稅所得額。根據該項規定，計入當期損益的投資費用，不得在稅前扣除，應作納稅調增處理。這部分投資費用應當計入長期股權投資的計稅成本，在處置該項股權時，一并扣除。
4.作為對價的存貨已計提減值準備的，本期結轉的存貨跌價準備應當調減所得。
5.作為對價的固定資產、無形資產已計提減值準備的，在視同銷售計算資產轉讓所得時，允許扣除的成本為剩余計稅成本。剩余計稅成本=固定資產、無形資產初始計稅成本-已扣除的折舊額、攤銷額。
例：A公司于20×5年3月以4000萬元取得B公司30%的股權，因能夠派人參與B公司的生產經營決策，對所取得的長期股權投資按照權益法核算并于20×5年確認對B公司的投資收益150萬元(該項投資的初始投資成本與投資時應享有被投資單位可辨認凈資產公允價值的份額相等)。20×6年4月，A公司又出資5000萬元取得B公司另外30%的股權。假定A公司在取得對B公司的長期股權投資以后，B公司并未宣告發放現金股利或利潤；A公司按凈利潤的10%計提盈余公積。
本例中A公司是通過分步購買最終取得對B公司的控制權，形成企業合并。在購買日，A公司應進行以下賬務處理：
借：盈余公積150000
利潤分配——未分配利潤1350000
貸：長期股權投資l500000
借：長期股權投資50000000
貸：銀行存款50000000。
稅務處理：A公司取得該項投資的計稅成本為首次出資計稅成本與追加投資計稅成本之和9000萬元。本例會計成本與計稅成本相同。
需要注意的是，如果首次投資是以成本法核算（對被投資單位不具有控制、共同控制或重大影響，并且在活躍市場中沒有報價、公允價值不能可靠計量的權益性投資），并且是非現金資產交換方式取得，而且按成本模式計量，那么，其首次投資的會計成本與計稅成本會存在差異，從而導致累計計稅成本與會計成本之間存在差異。
