為控制醫療費用過快增長，切實減輕患者就醫經濟負擔，2011年北京市開始試點按疾病診斷相關分組（DRGs）付費方式。DRGs付費方式，是指醫療保險的給付方不是按照病人住院的實際花費付賬，而是根據病人的年齡、住院天數、手術、疾病嚴重程度、合并癥與并發癥等因素，把病人分入臨床過程相近、費用消耗相似的同一個組中，根據不同的分組確定定額支付標準，按病組定額支付醫療費用。對于醫院方而言，DRGs支付方式使病人的住院費用有了上限控制，醫院必須在保證醫療質量的前提下，提高效率、控制成本，一旦管理不善，醫院將自行承擔超過支付標準以上的成本。
在這種新的醫保支付模式下，北京大學第三醫院作為首批試點醫院之一，努力提升醫院精細化管理水平，探索出一套行之有效的病種成本管理方法：將病種作為成本管理對象，以成本核算數據作為管理依據，將疾病的成本信息與臨床業務管理相結合，建立起閉環的、以病人為中心的全過程成本費用管理體系，取得診療流程優化、醫療質量安全水平提高、患者費用降低等多重成效。2014年共結算9702例病人，占出院人數的11%，涉及醫院30個臨床科室106個病組。其主要做法包括：
一是制定了基于成本發生地進行成本歸集的病種核算模式。將臨床路徑中所發生的醫療護理工作內容按照發生地點進行成本歸集，既能夠明確臨床路徑中的醫療責任，也有利于明確成本責任。
二是通過病種成本管理實現對診療環節的成本控制。通過病種成本核算，準確掌握疾病在診療護理過程中的真實消耗；通過明確成本責任，強化醫務人員的成本意識；通過成本分析和專家咨詢，找到成本可控點，制定出成本目標并落實到成本責任主體，使醫療資源得到有效利用。
三是縮短平均住院日，減輕患者負擔，提高醫院管理效率。通過編制臨床路徑，增強了診療活動的計劃性與合理性；加上手術室、麻醉科、檢驗科等平臺科室高效運轉的配合，在確保醫療質量的前提下，縮短住院天數，增加床位周轉次數，為更多的病人提供醫療服務，同時降低住院患者個人的醫藥費。
