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生物醫藥企業的生命周期分為三個階段，包括創業階段、研發階段和商業化階段： 創業階段 企業的創始人會更加關注企業的控股架構應該如何設置才能更好地兼具今后上市和投融資活動的靈活性、不同的主體應該在不同的國家和地區如何設置才能更好地享受財稅返還和補貼、企業的專利應該在不同的國家和地區如何實現更靈活的擺位； 研發階段 產品的研發管線不停往前推進，企業主體和關聯性的活動也越來越多。如何能夠實現關聯活動的定價合理性從而能夠實現稅務的優化是企業非常關注的問題。在這個階段也會有一些特殊的稅務事項，比如，患者援助計劃PAP相應的稅務處理應該如何做；抗癌靶向藥或者孤兒藥，是否存在相關的稅務優惠；而企業的專利如果從海外向中國這邊轉移是否涉及不同的稅務處理； 商業化階段 企業的產品已經陸續推向市場，大額的交易會使得企業更加關注電子發票的管理。在這個階段，不少企業會設立財稅共享中心。或者在海外，比如新加坡或香港設立平臺來進行商品的國際化，這些都有諸多的稅務事項需要企業特別關注。
有些生物企業最終會走向上市，不同的資本市場對于控股架構、創始人和高管的持股平臺要求不盡相同，而相關的稅務處理也會千差萬別，因此，需要企業能夠慎重地選擇。
