存貨是企業流動資產中各種為生產耗用或為銷售而儲存的資產。它一般包括各種材料、燃料、包裝物、低值易耗品、在產品、半成品、產成品、庫存商品等。存貨在企業的日常生產過程和經營過程中會發生形態各異的損耗，正確對存貨損耗進行會計處理，可以避免增加不必要的稅收成本。
在對存貨損失的處理上，現行《企業會計制度》規定：由于預見存貨可能遭受損失或不合市價，出于會計上的“謹慎性”，企業在期末要計提“存貨跌價準備”，但稅法上對此不予認可。對于正常的存貨損失，會計處理等同于稅法，在本年利潤中直接扣除；對于存貨的非正常損失，會計上分兩種情況在本年利潤中直接扣除，即自然災害損失，在扣除保險公司等賠償后計入“營業外支出”，而因管理不善造成貨物被盜竊、發生霉爛變質等損失，扣除有關責任人員賠償后計入“管理費用”。
存貨損失的會計處理涉及兩個稅種：一是增值稅，根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》第10條以及《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》第22條的規定，企業發生非正常損失的購進貨物，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。如果企業在貨物發生非正常損失的購進貨物的增值稅進項稅額實際申報抵扣，則應當在該批貨物發生非正常損失的當期，將該批貨物的進項稅額予以轉出。二是所得稅的處理，對于因管理原因計入“管理費用”和因自然災害記入“營業外支出”的存貨非正常損失，如果具備國家稅務總局[2005]第13號令《企業財產損失所得稅稅前扣除管理辦法》第24、25、26條認定的證據，經稅務機關審查批準后，準予在當期稅前扣除。以下做具體說明。
一、從存貨有形損耗分析存貨的涉稅處理
(一)存貨在購進過程中的短缺和毀損的會計處理
(二)存貨在使用過程中的短缺和毀損的會計處理
二、從存貨的無形損失中分析存貨的涉稅處理
(一)市價持續下跌，并且在可預見的未來無回升的希望；
(二)企業使用該項原材料生產的產品的成本大于產品的銷售價格；
(三)企業因產品更新換代，原有庫存材料已不適應新產品的需要，而該原材料的市場價格又低于其賬面成本；
(四)因企業所提供的商品或勞務過時或消費者偏好改變而使市場的需求發生變化，導致市場價格逐漸下跌；
(五)其他足以證明該項存貨實質上已發生減值的情形。
總之，對存貨損失的有關涉稅處理，財務人員不僅要遵循會計制度的有關規定，而且要遵循稅收制度的有關規定正確計算，把握其精髓，避免增加不必要的稅收成本而給企業造成不必要的損失。
