企業內部控制分為財務報告內部控制和非財務報告內部控制，內部控制的目標決定了內部控制審計的范圍。目前，實行內部控制審計的國家均將審計范圍限定在財務報告內部控制。財務報告內部控制，是指企業為了合理保證財務報告及相關信息真實完整而設計和運行的內部控制，以及用于保護資產安全的內部控制中與財務報告可靠性目標相關的控制。非財務報告內部控制，是指除財務報告內部控制之外的其他控制，通常是指為了合理保證除財務報告及相關信息、資產安全外的其他控制目標的實現而設計和運行的內部控制。
一、企業財務報告內部控制審計與財務報表審計的整合審計產生的原因
在內部控制審計中，要求CPA對企業控制設計和運行的有效性進行測試。在財務報表審計中，也要求CPA了解企業的內部控制，并在必要時測試內部控制。由于這兩種審計具有相通之處，促使了兩者的整合審計。
二、財務報告內部控制審計與財務報表審計整合審計的要求：
整合審計要求在內部控制審計和財務報表審計中獲取的審計證據應當相互印證，相互利用。具體體現在：
(一)在內部控制審計中
CPA在對內部控制有效性形成結論時，應當同時考慮財務報表審計中實施的、所有針對控制設計和運行有效性測試的結果。
(二)在財務報表審計中
CPA在評估控制風險時，應當同時考慮內部控制審計中實施的、所有針對控制設計和運行有效性測試的結果。
(三)在內部控制審計中識別出某項控制缺陷
CPA應當評價該項缺陷對財務報表審計中擬實施的實質性程序的性質、時間安排、和范圍的影響。
(四)在內部控制審計中
CPA應當評價財務報表審計中實施的實質性程序的結果對控制有效性結論的影響；如果通過實施實質性程序未發現某項認定存在錯報，這本身并不能說明與該認定的關的控制是有效運行的；如果通過實施實質性程序發現某項認定存在錯報，CPA應當在評價相關控制的運行有效性時予以考慮。CPA應當考慮實施實質性程序發現的錯報對評價相關控制運行有效性的影響。如降低對相關控制的信賴程度、調整實質性程序的性質、擴大實質性程序的范圍等；如果實施實質性程序發現被審計單位沒有識別出的重大錯報，通常表明內部控制存在重大缺陷，CPA應當就這些缺陷與管理層和治理層進行溝通。
三、財務報告內部控制審計與財務報表審計的區別
(一)審計目的不同
財務報表審計是對財務報表是否符合企業會計準則，是否公允地反映被審計單位的財務狀況，經營成果和現金流量發表意見；財務報告控制審計是對財務報告內部控制的有效性發表審計意見，并對內部控制審計過程中注意到的非財務報告內部控制的重大缺陷，在內部控制審計報告中增加“非財務報告內部控制重大缺陷描述段”予以披露。
(二)了解和測試內部控制的目的不同
財務報表審計按風險導向審計模式進行，了解內部控制是為了評估控制風險，評估控制風險是為了最終評估重大錯報風險。如果了解內部控制的結果表明預期控制運行有效，就要做控制測試去進一步證明了解內部控制時得出的初步結論。測試內控是為了再評CR，為了證明控制運行是否有效。如果有效則按計劃執行，如果無效需要修改審計計劃；在財務報告內部控制審計中了解和測試內部控制的直接目的是對內部控制設計和運行的有效性發表意見。
(三)測試范圍不同
在財務報表審計中，只有；在評估認定層次重大錯報風險時，預期控制運行是有效的；僅實施實質性程序并不能提供認定層次充分、適當的審計證據的情況下才強制要求對內部控制進行測試，在其他情況下，CPA可以不測試內部控制；財務報告內部控制審計要求對所有重要賬戶、各類交易和列報的相關認定，都要了解和測試相關的內部控制。
(四)測試時間不同
在執行財務報表審計時，一旦確定需要測試，則需要測試內部控制在整個擬依賴期間內的運行有效性。如果已獲取有關控制在期中運行有效性的審計證據，并擬利用該證據，CPA還需要針對期中至期末這段剩余期間獲取充分、適當的審計證據；財務報告內部控制審計是對特定基準日內部控制的有效性發表意見，而不是對財務報表涵養的整個期間的內部控制的有效性發表意見，但這并不意味著CPA只關注企業基準日當天的內部控制，而需要測試足夠長的時間，才能得出是否有效的結論。
(五)測試的樣本量不同
在財務報表審計中對結論可靠性的要求取決于計劃從控制測試中得到的保證程度或減少實質性程序工作量的程度，樣本量相對要小；在財務報告內部審計中對結論可靠性的要求高，測試的樣本量大。
(六)結果報告的要求不同
在財務報表審計中通常不對外披露內部控制的情況，除非是內部控制影響到對財務報表發表的審計意見。CPA以管理建議書的方式向管理層或治理層報告財務報表審計過程中發現的內部控制重大缺陷，但CPA沒有義務專門實施審計程序，以發現和報告內部控制重大缺陷。在財務報告內部控制審計中需要對外披露內部控制的情況并以正面、積極的方式對內部控制是否有效發表審計意見。
