預算體系在計劃經濟體制下產生，近年來由于缺乏適度的調整變得與社會主義市場經濟 發展極不協調。事業單位作為中國預算體制的重要組成部分，也顯現出與市場經濟發展不適應的特點，尤其體現在其會計體系上。
一、事業單位會計體系中存在問題
(一)預算外資金處理不得當
中國現行的預算體制包括預算內收支和預算外收支。其中預算外收支中包含事業單位自行組織的各項收支。由于預算外資金在運用上具有很大的靈活性，事業單位在預算中難以列支的費用項常常以預算外資金進行彌補，這引發了一些問題。表現在：
1、統計數據不真實，預算外資金浪費嚴重
超過預算控制數的“三公”費用被列支在預算外資金中，如其他營業支出，而決算的時候又難以具體體現，“三公”經費的實際支出遠遠超過統計數據。這種通過預算外資金修飾的決算報表難以反應單位的真實情況。并且，目前事業單位一方面獲得財政撥款，提供、執行社會公共服務；另一方面其他經營收支又涉及市場經濟領域，處于國有企業的邊緣，其他經營收入常常會成為預算中的超收。對于這部分收入，除按法律、法規和財政體制規定支出外，其余會轉入預算穩定調節基金，納入來年預算安排，因此絕大部分單位更愿意將超收部分全部花掉。超收金額越大，越容易導致資金使用低效和浪費。
2、事業單位人員工資有較強隨意性，間接導致機構人員冗余
政府曾鼓勵事業單位“創收”以減輕國家負擔，但“創收”達到一定量后，又出現了如何規范管理的問題。當事業單位預算外資金遠遠超過財政撥款時，大多數單位會傾向于提高員工福利待遇，在經濟發達的地區曾一度出現年度獎金分配嚴重超標的狀況，人員工資成本成為預算外支出中相對重要的組成部分。這種資金分配的隨意性會間接導致機構人員庸腫，而且一旦超過限度，這些剛性的人員工資支出便成為單位的財政負擔。
(二)固定資產凈值不詳
我國事業單位會計制度中關于固定資產核算的規定不夠全面，與企業不同，事業單位固定資產不計提折舊，固定資產從購買到報廢均以歷史成本反映在賬面上，不對其損耗、維修進行記錄，固定資產價值下降無從體現，以至于某些固定資產已失去使用價值，甚至已毀損報廢，卻仍掛在賬面上，直接導致投入產出效益分析的缺位，資產虛增。對于事業單位固定資產的報廢、清理、拍賣，目前沒有關于實務操作的明確規定。且固定資產入賬時間存在不合理地方，如跨年度項目工程，往往固定資產已使用若干年，但由于項目未驗收，會計核算仍未做入
賬處理，導致不能真實反映資產情況。
近年來，雖然財政部開展了資產管理工作，但只是處于統計階段，對于實物與賬面金額的差額，以及如何評估現存實物實際價值，仍然沒有進一步的指導。因此，在沒有明確規定下的“加強固定資產管理”只會流于形式。
(三)事業單位財務人員內控意識不強
良好的內控意識在事業單位內部管理中起著非常重要的作用，是安全使用資金的前提。目前事業單位財務人員內控意識淡薄，體現在橫向監督與縱向監督均有不足，財務人員思想覺悟差，事業單位內缺乏競爭，財務人員工作態度不積極、專業水平不足，只局限于事業單位會計制度，專業知識不能及時更新，無法滿足事業單位發展需要。
二、事業單位會計系統現存問題的解決辦法
(一)設立事業發展基金專戶，避免資金浪費
對于事業單位預算外資金的管理，可選擇試點單位，對滿足人員、經費開支后的資金，按比例轉入事業發展基金專戶，避免事業基金被單位的其他開支擠占。對這部分由預算外資金節余而來的事業基金，政府應鼓勵各單位將其用于業務發展，尤其是帶有科研性質的單位，可以用來支持項目的開展，招聘高科技人才和購買先進儀器設備，讓“創收”的資金真正起到減輕國家財政負擔的作用。
(二)實行預算會計，進行投入產出的績效分析
預算會計是用以追蹤支出周期各階段交易的信息系統，這種追蹤對確保預算執行的控制、記錄和報告必不可少。其中支出周期是指預算經由立法機關批準后，預算資金從國庫進入最終收款人（商品與服務供應者）的過程，這一過程通常由分配撥款與撥付資金、承諾、核實以及付款四個階段構成。其中核實是指對供應商交付的商品與服務進行核實，包括所交付的商品與服務服務是否與簽署的合同和發出的訂單相符。
目前事業單位沒有關于核實環節的具體規定。實際工作中核實環節僅限于內部控制的簡單操作，在會計系統中沒有相應反映，易流于形式。如采購電腦，財務人員往往僅僅獲取金額與數量方面的數據，對于電腦的性能配置、后期的維修維護費用沒有有相關的詳細記錄。事實上，對于購入的商品和勞務而言，只有進行兩次以上性能指標的對比，才能了解其產生的績效，否則無從分析資金運用的效益。
核實環節的缺乏還體現在項目的建設與投入。事業單位多注重項目立項之前的可行性分析，對項目建設過程的投入產出效益以及項目建成后人員的配備，設備維護等后續工作，缺乏相應的數據分析和績效評價。不注重績效的導向作用使得事業單位在爭取項目后缺乏后續支持，導致項目在一定程度上與國家規劃不符，難以發揮效益，加大了政府的財政風險。
因此，事業單位會計核算系統應引進和加強核實環節，并且力求透明、公開。這一方面有利于減少黑箱操作、腐敗尋租的可能性，尤其對于基建項目；另外，詳細的數據為預算的編制提供了重要的信息，如一些類似的商品、服務的性能數據對比
，這有利于資金效能評價，對為完成預算進度而突擊花錢購買高價商品、勞務的行為有一定的約束作用。
在實務中，雖然事業單位不進行成本核算，但計提固定資產折舊可以作為輔助計量引入事業單位，用以清晰反映固定資產的價值。此外，大型設備進行維修，更換重要零部件涉及金額較大的，可采用企業會計制度中關于固定資產核算的方法，增加固定資產價值的同時核減掉更換部分的價值。對于項目中固定資產，應從撥入或購入之日起進行確認核算，待竣工后按實際價值再進行相應調整，否則資產收入與支出不匹配，財務報告也無法反映該單位資產狀況。
(三)完善單位內部控制制度，引入外部審計
加強內部控制意識，建立健全內部控制機制，合理設置會計及相關工作崗位，明確職責權限，形成相互制衡機制。內部控制具有一定局限性，財務管理人員濫用職權，串通舞弊等會直接內部控制執行效果下降，因此引入內部控制監督機制非常必要。單位內部應設立專門機構對財務內部控制執行情況進行不定時、客觀的分析、評價，這有利于及時發現內部控制漏洞。另一方面應聘請社會中介機構進行審計，這不僅直接起到監督作用，而且有利于事業單會計人員專業水平的提高。
三、結束語
事業單位是中國社會的特有產物，隨著市場經濟的不斷發展，許多事業單位原來的職能亟待重新定位，而其會計系統也暴露出其某種程度上的滯后性。只有對事業單位會計體系作出符合社會主義市場經濟發展的相應調整，才能推動預算編制的改革，使其更好的為公眾服務。
